С собственно языковой точки зрения в этом нет ошибки: ведомство — родовое наименование в отношении слова министерство. Однако в структуре российской исполнительной власти министерства обычно отграничивают от ведомств. К последним относят такие органы исполнительной власти, как агентства, службы, комитеты и др.

Запятую можно поставить, чтобы интонационно отграничить обстоятельственный оборот.

Именно поэтому и ставится тире, чтобы избежать двусмысленности, отграничить первую часть интонационно и по смыслу.

Профессиональная речь в любой отраслевой среде включает слова и выражения, используемые в устной коммуникации. От терминов эти слова и выражения могут отличаться стилистической окраской, даже смысловой неопределенностью. Они рождаются как результат практической деятельности людей и отражают очень многие субъективные свойства говорящих. Именно такие слова и выражения лингвисты называют профессионализмами и отграничивают их от терминов (общепризнанных, официальных). Совершенно естественно то, что в нашей большой стране профессионализмы могут не совпадать по территориальной распространенности. Выражения поставить укол, ставить прививку давно обсуждаются как «неверные». Но с неизменным постоянством эти выражения появляются в печати, в тематических публикациях СМИ. Например, в каком-либо цветастом журнале можно встретить фразы типа принудить вас поставить укол нельзя, обязать поставить укол против воли никто не сможет!

Знаки препинания расставлены верно. Другое дело, что лучше было бы взять обособленное приложение в парное тире, чтобы отграничить обособление приложения и выделение запятыми вводного предложения как ее называли в доме.

Перед нами простое предложение, осложненное обособленным приложением и вводной конструкцией.

Что же касается придаточных частей, то многие из них могут оказаться внутри чего угодно. Например: Дедушка, заслуженный строитель, приехавший в наш город, когда он еще только строился, и многое сделавший для его становления, хотя кое-кто и пытался ему помешать, обычно очень внимательно слушал сообщения о новых стройках.

Этот смысл можно выразить, в зависимости от стиля текста, формами глаголом ограничить(ся) (например: В будущем ассортимент биотехнологической промышленности не будет ограничен лекарствами и пищевыми добавками) или ограничительными частицами только, лишь, всего лишь, исключительно, единственно, и всё (например: Здесь лекарства и биодобавки — и всё). 

Если требуемое значение глагола - "ограничивает в пространстве", то слово употреблено верно.

Можно. Этот предлог зафиксирован в словарях. В рамках чего, в зн. предлога. Ограничиваясь (только этим), охватывая (только это).