Кавычки нужны.
Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.
Корректно: ...свидетельство чему — пятёрки в её дневнике. Но: ...свидетельством чему служат пятёрки в её дневнике.
Название статьи написано верно.
Предложение требует существенной литературной правки.
Грамматически верно: аттестат выдан муниципальным общеобразовательным учреждением средней общеобразовательной школой № 1. Или так (как принято в канцелярской речи): аттестат выдан муниципальным общеобразовательным учреждением "Средняя общеобразовательная школа № 1".
При существительных женского рода прилагательное в сочетании с числительным два, три, четыре может выступать как в форме родительного, так и в форме именительного падежа, но некоторые справочники (например, справочник Д. Э. Розенталя) отдают предпочтение форме именительного падежа: четыре основные общеобразовательные школы.
Дефис не нужен, это сочетание пишется раздельно.