Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.

Нормы согласования причастных и деепричастных оборотов подробно изложены в "Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию" Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (§ 211. Причастные обороты; § 212. Деепричастные обороты). Например: "Причастию, как глагольной форме, присущи значения времени, вида, залога. Значение времени в причастии относительное: в одних случаях наблюдается соотносительность времен, выраженных причастием и глаголом-сказуемым, например: видел детей, играющих на бульваре (видел в то время, когда они играли); в других случаях время, выраженное причастием, соотносится с моментом речи, предшествует ему, например: видел детей, игравших на бульваре. Ср.: а) В одной из комнат я нашел молодого парня, разбирающего за столом бумаги (В. Солоухин); б) В эту ночь, как нарочно, загорелись пустые сараи, принадлежавшие откупщикам (Герцен).

Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка». 

Здесь сравнительный оборот имеет значение образа действия. Запятая не ставится.

Запятая поставлена ошибочно: определительный оборот, стоящий перед определяемым существительным, не отделяется запятой от определяемого слова.

Для решения, выделять ли оборот с союзом как запятыми, в большинстве случаев подходит прием синонимической замены: если союз как можно заменить на предлог в качестве, оборот не нуждается в обособлении. В приведенном примере такая замена невозможна. Более того, оборот легко разворачивается в придаточное предложение: Они родину свою любят, как [любят] маму!

Запятая нужна, так как сочетание и тоже оформляет присоединительный оборот: Она сложна психологически, и социально тоже. Сравним без слова тоже: Она сложна психологически и социально.

Да, оборот с союзом в том числе обособляется: имеется транспортное, в том числе регулярное автобусное, сообщение.

Причастный оборот употреблен правильно. 

Запятая не нужна, т. к. оборот с как входит в состав сказуемого.