Первые варианты являются правильными: сравнение эукариот и прокариот. См. в электронном орфографическом словаре.

Допустимо: Позвонишь - тогда и решать буду. Позвоню, что и как...

В данном случае кавычки не нужны. Это не прямая речь, а слова, не имеющие конкретного автора. Обратите внимание: в приведенном Вами тексте есть орфографические и пунктуационные ошибки.

Разница прежде всего в том, что ПТУ – буквенная аббревиатура (т. е. читается по названиям букв: [пэтэу]), а вуз – звуковая (т. е. читается не по названиям букв – [вэузэ] – а как обычное слово). Впрочем, подавляющее большинство аббревиатур – и буквенных, и звуковых – пишутся прописными буквами. Строчными буквами пишутся только некоторые (немногие) звуковые аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: вуз, втуз, дот (от долговременная огневая точка), дзот. Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами: ЗАГС и загс. Отдельные буквенные аббревиатуры могут писаться двояко – по буквам и по их названиям: БТР и бэтээр. В случае возникновения сомнений следует обращаться к орфографическому словарю.

Из истории: традиции написания аббревиатуры вуз строчными буквами – уже более полувека. В «Справочнике по орфографии и пунктуации для работников печати» К. И. Былинского и Н. Н. Никольского (М., 1952) читаем: «...Сложные сокращенные слова, обозначающие нарицательное имя и читаемые не по названиям букв, а как обычные слова, пишутся строчными буквами: вуз, вузы, нэп, при нэпе и др.». 

Насчёт сочетания а ну словари единодушны: это междометие. Междометия выделяются (или отделяются) запятыми (кроме устойчивых сочетаний А ну тебя, А ну его). По этому правилу сочетание а ну в приведенных примерах нужно отделить запятой: А ну, давай!; А ну, не вертись!; А ну, попробуй сам!

Основной принцип выбора между прямой или косвенной речью состоит в том, что́ важно для автора — передать чье-то высказывание дословно, со всеми лексическими особенностями формулировок, или изложить только содержание этого высказывания, в отвлечении от формы. Слово типа вводит особую разновидность прямой речи, которую можно обозначтить как «наглядно-примерная». Оформление такой речи специально не оговорено в справочниках по пунктуации, однако это всё-таки прямая речь, поэтому рекомендуем оформлять ее так, как Вы оформили приведенные в вопросе примеры.

Потому что это разные фамилии. Вот правило для фамилии Дарвин: иноязычные фамилии на   -ин и -ов имеют в творительном падеже окончание -ом (Дарвином, Гершвином, Чаплином). Тем самым они отличаются от русских фамилий на -ин и -ов. Ср.: Иван Петрович Дарвин – Иваном Петровичем Дарвиным.

Прилагательное уфимский уникально. В прочих прилагательных, образованных от подобных географических названий, используется согласный Н: арагвинский, тувинский, увинский.

1. Однако в начале 1984 года он порвал эти отношения, и перешел в глубокое противостояние с правительством Афганистана, и начал активные действия против советских войск. 

2. Корректно раздельное написание.

Это некрасиво, конечно.