Возможно и слитное, и раздельное написание. Слитное написание подчеркнет утверждение, а раздельное — подчеркнет отрицание. Например, если подразумевается возражение кому-то, кто утверждает, что бежать с топором в руке комфортно, то стоит написать раздельно.

Обратите внимание: после вводного может быть тоже нужна запятая.

Ответ на Ваш вопрос ещё не был дан, однако в подобных случаях используйте строку «Справочная служба» (если вводятся несколько слов, их следует заключать в кавычки).
При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных, оканчивающихся на два, три, четыре, пределение, находящееся между числительным и существительным, ставится, как правило, в форме родительного падежа множественного числа: два высоких дома, квадратных километра.
В случае 356 647 квадратных километров согласование осуществляется по основному правилу: километров каких? квадратных.

Действительно, между этими двумя рекомендациями есть некоторое противоречие. Однако обратим внимание, что во второй группе примеров все дефисные конструкции стоят на втором месте, т. е. выполняют функцию определения. В первой группе примеры различаются: студент-медик — альпинист имеет обратный порядок компонентов, а оставшиеся два — такой, как в предыдущей группе. Это может иметь значение, поскольку альпинист здесь является приложением к конструкции с приложением (медик), а это требует паузы при произнесении и постановки знака тире. В остальных случаях, на наш взгляд, тире можно не ставить.

Добавим, что за разъяснениями приведенного Вами правописного решения Вы можете обратиться непосредственно к авторам «Русского правописания с комментариями» (их электронные адреса есть на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в разделе «Сотрудники») и всё узнать, так сказать, из первых рук.

Значения слов описаны в толковых словарях русского языка. См. словарную статью «Большого толкового словаря русского языка» под ред. С. А. Кузнецова.

В нормативных правовых актах употребительно: в ФСБ России, в ФСТЭК России.

В документах, регламентирующих названия морских судов и внутреннего водного транспорта, мы не нашли запрета на использование запятых. Правда, там есть рекомендация не использовать в названии более двух слов.

С другой стороны, бегло просмотрев списки зарегистрированных в России судов, мы не увидели ни одного названия с запятой или точкой.

Но, поскольку байдарки не подлежат регистрации, Вы можете назвать лодку как угодно. С точки зрения языка запятая стоит абсолютно верно.

1. Во всех приведенных случаях возможно как слитное, так и раздельное написание согласно правилу правописания НЕ с краткими прилагательными. Предпочтительно раздельное написание, если сам пишущий подчеркивает отрицательный признак. См.  также в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».
2. Как правило, сложные союзы в начале предложения (для того чтобы, после того как) не разделяются запятой.