Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Предполагаем, что слово пара без уточнения встречается в текстах, в которых лексическая недостача восполняется с помощью контекста (поэтому понятно, о какой именно паре идет речь). В разговорной речи подобное одиночество пары может быть «оправдано» обсуждаемой ситуацией. Очевидно, что в любом другом случае слову пара необходимо уточнение.

В этом случае следует использовать слово мастерский: мАстерская норма; мастерский разряд и т. п.

Что хочется – это неполное придаточное предложение, как и в примере Женится, на ком захочет. Неполные придаточные нужно отличать от цельных по смыслу выражений, которые не обособляются. Ср.: Пусть наполнится радостью дом и что угодно произойдёт! 

Если придаточная часть находится после сочинительного союза, то рядом оказываются два союза или союз и союзное слово. В таком случае запятая между союзами ставится или не ставится на основании особых правил. Запятая ставится, если придаточную часть можно переставить в другое место предложения. В нашем случае такая перестройка возможна: ...и произойдет, что хочется.

Почему Вы решили, что это слово стало нормой? Частота употребления - не показатель нормативности.

Возможно: Парень хотел убедиться в том, что ему не послышалось, он не сошел с ума, точно его мать, и его никто не ударил по голове, и это не просто галлюцинации.

Все названные Вами случаи возможны.

Корректно так:

И две сосны, как часовые,
Хранили маленькую ель.
Ни лютый зверь, ни вьюги злые –
Никто пугать ее не смел!