В данном предложении запятая воспринимается, как знак, разделяющий однородные члены. Но вероятно, предполагается иной смысл: проходить сквозь стены только через двери. В этом случае запятую ставить не нужно или можно поставить тире, которое будет подчеркивать значение стоящего после него компонента, добавлять экспрессию: Прохожу сквозь стены через двери или Прохожу сквозь стены — через двери. Возможен и такой вариант: Прохожу сквозь стены. Через двери.

В художественной литературе названия видов бабочек тоже пишутся строчными без кавычек: в окно влетел дневной павлиний глаз, на цветок опустился адмирал. Конечно, при таком оформлении смысл текста читателю (особенно ребенку) может быть непонятен. Но можно сделать примечание или немного изменить текст, вставить слово бабочка. Например: на цветок опустился адмирал (так называют одну из самых красивых бабочек) или на цветок опустилась красивая бабочка – адмирал.

Возможны оба варианта, но они передают разный смысл. На контакт с корреспондентом охотно пошел один из индивидуальных предпринимателей, торгующих джинсами  – все эти индивидуальные предприниматели торгуют джинсами, один из них пошел на контакт с корреспондентом. На контакт с корреспондентом охотно пошел один из индивидуальных предпринимателей, торгующий джинсами – предприниматель, который пошел на контакт с корреспондентом, торгует джинсами, а чем занимаются остальные индивидуальные предприниматели, неизвестно.

Частица не писалась бы в независимом восклицательном предложении: Куда только Катя не обращалась за помощью! (то есть буквальный смысл: да есть ли такие места, куда Катя не обращалась за помощью?). Но в приведенном Вами предложении надо писать частицу ни: Куда только Катя ни обращалась за помощью, нигде не могли ей помочь. Отрицанию не в этом предложении не место: она же обращалась за помощью.

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

1. Верно: список не исчерпывающий (в данном случае подчеркивается отрицание, а не создается новое понятие).

2. Смысл этого сочетания не вполне ясен, но мы полагаем, что следует писать раздельно.

3. Если это заголовок, то правильно: Постановление Правительства РФ... В середине предложения правильно со строчной (наименования актов Правительства Российской Федерации пишутся со строчной буквы): согласно постановлению Правительства Российской Федерации... 

4. Запятая не требуется.

Строго говоря, нельзя. Смысл подобного рода конструкций, где дательный падеж существительного может обозначать как субъект, так и объект действия, определяется в контексте. В то же время при данном порядке слов преобладающая часть носителей русского языка воспримет водителям как обозначение объекта действия (в том числе потому, что дательный падеж при глаголе грубить, расположенный справа от глагола, в речевом общении гораздо чаще обозначает именно объект).

С запятой и без нее предложение будет иметь разный смысл: 1) Как государственный деятель и реформатор, он получил высокую оценку = «получил высокую оценку, поскольку был государственным деятелем и реформатором»; 2) Как государственный деятель и реформатор он получил высокую оценку = «​​​​​​​получил высокую оценку в качестве государственного деятеля и реформатора» (а в другом качестве — не получил).

Если мы верно понимаем, часть предложения после союза и, как и часть перед этим союзом, характеризует заявителей. Если так, то смысл надо прояснить, включив в эту часть союзное слово; запятая перед союзом в этом случае не ставится: Перечень кредитных договоров, заключенных с заявителями, которые на момент поступления заявок на кредит присутствовали в базе отказов и для которых срок действия отказа не истек.

Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:

На гаке* было 5 барж.