В каждом из этих случаев мы имеем дело с приложениями, первое из которых называет должность, профессию, второе — звание. Эти приложения характеризуют лицо с разных сторон и потому не однородны (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Об этом рассказал доцент кафедры всеобщей истории МГУ кандидат исторических наук Александр Иванов. Нас обучал тренер по лёгкой атлетике мастер спорта Иван Петров.
Слово соавтор может входить в оба типа сочетаний: чей-либо соавтор (соавтор кого-либо) и соавтор чего-либо. Таким образом, верно и соавтор Петра, и соавтор книги. Также возможен вариант: соавтор Петра по книге.
Да, должно быть: ни ставила. В доступных нам изданиях так и написано.
Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.
Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.
Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.
Правильнее: Борис должен сделать две пересадки.
Указанная запятая нужна.
Запятые не нужны. Здесь "значит" выступает в роли связки.
Запись до Ховрина корректна.
Если перед подлинным выражением, вставленным в текст в качестве элемента предложения, имеются слова предложение, выражение, надпись и т. п., то двоеточие ставится: «...будка с черепом на двери и надписью: "Смертельно!"» (см.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. М., 2004).
Дать рекомендации сложно, так как неясен смысл последней части: не/ни Иванов, не/ни Петров, а именно Иванов.
