Группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом: фу-нкционирует, фун-кционирует, функ-ционирует. Обратите внимание: нельзя отрывать гласную букву от предшествующей ей согласной. То есть недопустимо: функц-ионирует.

Названия, написанные латиницей, кавычками не выделяются. Использование прописных букв тоже служит достаточным средством выделения и кавычек не требует. В случае написания кириллицей названия серии с первой прописной буквы следует использовать кавычки: серия «Баба», серия «Баня».

Буква ъ может писаться при передаче иноязычных собственных имен после букв, обозначающих парные твердые согласные, перед я, е, ё, ю и даже и. См. § 27 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Из Вашего вопроса не вполне ясно, на что именно должен быть пример. Если пример на употребление мягкого знака вообще, то с мышью всё в порядке: мягкий знак пишется на конце форм именительного падежа ед. числа существительных женского рода 3-го склонения. Если же нужен пример на употребление мягкого знака для обозначения мягкости парного согласного (на конце слова или в середине слова), подойдут, например, слова голубь и письмо.

Проблемы выбора прописных и строчных букв в личных именах, в том числе в прозвищах, наиболее подробно описаны в статье Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой, О. Е. Ивановой  «Прописные и строчные буквы в собственных именах людей, прозвищах, псевдонимах, кличках: из академических правил русской орфографии».

3D – далеко не единственное сочетание, которое пишется с латинской буквой в русском тексте. Ср.: DVD-плеер, HD-изображение и т. д. Буквосочетание SOS (не являющееся аббревиатурой) тоже вошло в русский язык именно в написании латиницей. Эти сочетания не требуют замены латинских букв кириллическими.

Правильно: о щёголях, локтем.

Правописание этих слов подчиняется правилу о написании гласных в так называемых чередующихся корнях: гласный передается на письме буквой и, если сразу после корня стоит под ударением гласный а; в остальных случаях (при отсутствии ударного а после корня) на месте безударного гласного пишется буква е (разбирать — беру, удирать — задеру, расстилать — стелить и др.). 

Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно.