Верная пунктуация: Это решение было сложным, но, если оно поможет остановить вирус, мы готовы. В сложноподчиненном предложении может ставиться тире вместо запятой, но обычно это бывает, если придаточное находится в начале предложения, а не между двумя главными, как в данном случае.

Наречие понапрасну имеет разговорный оттенок. 

Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.

В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.

Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей. 

Можно написать: По итогам аукционов, проведенных начиная с 1 января 2014 года... или По итогам аукционов, проведенных 1 января 2014 года и позднее.

Это опечатка. В оригинале: конно-медный.

Когда слов накопится побольше, выставим алфавитный перечень.

Прилагательное следует писать слитно, так как в тексте подобран синоним без не (дураки).

Можно написать кириллицей в публицистическом тексте: вайфай.

Если все что угодно является частью сложноподчиненного предложения, то запятая нужна, например: Сотрудник выполняет все, что угодно начальству. Если все что угодно является самостоятельным цельным выражением, то запятая не нужна (как в приведенном примере).