1. Вы правы, корректно с запятой. Обратите внимание, учебный год принято писать через слеш: В новом, 2018/2019 учебном году.

2. В штате ИП Ивановой И.И. или привлеченных ею на ином законном основании педагогических работников...

3. К сожалению, требования ЕГЭ в отношении орфоэпических норм бывают более строги, чем предписания нормативных словарей. Вариант перчИть как неправильный фиксировался в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» 1959 г. «Словарь трудностей русского языка. Ударение. Грамматические формы» Н. А. Еськовой 2014 г. допускает два варианта: пЕрчить и перчИть. При этом первый отмечается как предпочтительный. В «Словаре ударений русского языка» И. Л. Резниченко 2015 г. пЕрчить и перчИть уже представлены как равноправные варианты. То же в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера 2016 г., однако в эфире этот словарь рекомендует отдавать предпочтение ударению на первом слоге.

Лучше всего писать: трех фракций. Но если количественное числительное передается цифрой, то наращение не требуется: 3 фракций.

Большой толковый словарь

Количественные числительные пишутся без наращений. Верно: интервал увеличен с 2 до 5 секунд.

К сожалению, правильно произнести это невозможно.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Запятая в любом случае ставится после скобок. Перед скобками она не ставится никогда. Верно: Источник напряжения, управляемый током (ИНУТ), изображен на рисунке 5.

О написании части социально подробно написано в информационно поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря»:

социа́льно слитно/дефисно/раздельно:
1) пишется через дефис как первая часть сложных прилагательных с суфф., несмотря на подчинительное отношение основ, в сочетании со второй частью – относительным прилагательным, напр.: социально-гуманитарный, социально-культурный, социально-политический, социально-правовой, социально-утопический, социально-экономический § 51;
2) пишется раздельно в сочетании со второй частью – качественным прилагательным, напр.: социально активный, социально значимый, социально нетипичный, социально однородный, социально полезный, социально опасный, социально разнородный, социально успешный, социально чуждый § 51;
3) пишется раздельно с прилагательным-причастием, напр.: социально закрепленный, социально незащищенный, социально обусловленный, социально окрашенный, социально осознанный, социально ориентированный § 51.

1. Раковины тек-тек, крабы тру-лу-лу, пиво «Сейбрью».

2. Креветки медведки.

3. Род. падеж — (от) Сейшел. 

Верно: Оплаченные заказы резервируются на 7 дней, неоплаченные — на 5 дней.