В первом примере речь идет о трех системах: 1) горячего водоснабжения, 2) холодного водоснабжения и 3) водоотведения. Всё, что сказано об их обследовании, относится ко всем трем системам, причем варианта, при котором какой-либо одной из систем нет или ее обследование почему-либо не проводится, не предусмотрено.

Во втором случае — именно благодаря наличию варианта, вводимого союзом или, — такой вариант предусмотрен. При использовании этого двойного союза (и/или — он часто используется и в таком оформлении) одним предложением сообщаются сразу два положения дел: 1) первое — такое же, как и в первом примере, 2) второе же выглядит так: может проводиться обследование какой-либо одной из трех систем. Представить себе это трудно, но таков пример.

Более простой пример: Меня обещали навестить друзья: Маша, Сережа и (или) Петя.

Варианты ситуации, обозначаемые этим предложением:
а) меня навещают Маша, Сережа и Петя;
б) меня навещают Маша и Сережа;
в) меня навещают Маша и Петя.

Видимо, Вы правы: другой пример на ум не приходит.

Корректно: Ходатайствую о присвоении в соответствии с замещаемой должностью классного чина — государственный советник города Москвы 3 класса.

Это конструкции, эквивалентные сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, свойственные разговорной речи. При отсутствии интонационного отделения запятая в них не ставится, как в примерах: Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает (см. пункт 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Приведенные Вами предложения прочитываются без паузы, а потому запятую ставить не нужно: Доставлю как скажешь, Доставлю когда скажешь и т. д. Но сравним: Доставлю так, как скажешь, Доставлю тогда, когда скажешь и т. д. — с соотносительным словом запятая нужна.

Корректно со скобками: Просьба изготовить 3 грамоты для Представительства в Калмыкии (Элиста) по следующим образцам.

Предпочтителен последний вариант: доцент учреждения здравоохранения «Городская клиническая больница № 6».

Основные конструкции, требующие постановки скобок, описаны в базовых правилах пунктуации. См. раздел «Скобки» в «Правилах русской орфографии и пунктуации» (1956).

В общем можно сказать, что главная функция скобок — выделение разного рода второстепенной информации.

Постановка знаков препинания в предложении корректна. Ср. примечание к параграфу 42.3 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:

Сравнительный оборот союзом как, находящийся в середине предложения, отделяется запятой, если нужно показать, к какой части предложения он относится: Я почувствовал на моих волосах прикосновение слабой, как лист дрожавшей руки (Т.) — не «слабой, как лист», а «дрожавшей, как лист»; Я мчался на лихом коне, как ветер волен и один — не «мчался, как ветер», а «волен и один, как ветер»...

Правильно: ...помогли примерно трем тысячам граждан.

Возможны оба варианта — как с запятой, так и без нее. Определения большой и интересный характеризуют предмет с разных сторон, то есть являются неоднородными, однако в условиях контекста могут объединяться сходством производимого ими впечатления и становиться однородными. Сравним примеры, приведенные в пункте 3 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: нитчатые, изумрудно-зелёные водоросли; лунный, ясный вечер; густой, чёрный дым; бледное, строгое лицо и т. д.