Возможное написание: Ковчег Завета.

Возможны оба варианта согласования.

Более высокоуровневый принцип — не может быть написано слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).

Сочетания с наречиями меры и степени — один из типичных контекстов, в которых выражается утверждение, поэтому в таких случаях, как правило, не пишется слитно: крайне невразумительный ответ, довольно неудачный финал, достаточно непротиворечиво сформулировано, исключительно неблагоприятные обстоятельства.

Однако при ударении на отрицании сохраняется раздельное написание и в контексте наречий степени, например: абсолютно неинтересный фильм (утверждение) и абсолютно не интересный фильм (с логическим ударением на не — например, как возражение кому-либо, кто утверждает, что это интересный фильм).

Слово ложь, как правило, используется в единственном числе. Однако формы множественного числа грамматически возможны и, как показывают примеры из художественных текстов, иногда используются, ср.: Помилуют ли нас или не помилуют, будет ли нам утешением хоть минута раскаяния в тех, кто сторицею облыгал нас всеми лжами и клеветами, — это нам должно быть все равно... Н. Лесков, Русские общественные заметки. Одна из лжей, обрекающих человека на несоответствие и мучение, заключается в том, что идея способна изменить мир. А. Битов, Записки из-за угла. Рассказывали о всяких лжах и подвохах следствия, но никто — об угрозах или принуждениях. Л. Чуковская, Прочерк.

Тогда лучше написать слитно.

О таких случаях подробно написано в «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, а именно в части, посвященной литературной правке, главе «Согласование определений и приложений», пункте «Два определения при одном существительном».

Что касается сочетаний с большими и красными яблоками, то здесь нарушена логика. Факт, что яблоко большое, не исключает того, что оно может быть красным, то есть в данных сочетаниях большое и красное не являются отличительными признаками. Так что сочетание большое и красное яблоки и тем более большие и красное яблоки некорректны.

Во втором примере проблема связана с ограничениями в сочетаемости слова человек. Здесь возможны варианты: большой человек и маленький и два человека: большой и маленький.

Приведенное Вами сочетание не зафиксировано словарями. По правилу нужно писать две буквы н. 

Согласно словарям русского языка (см., напр., «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова), мачеха – жена отца по отношению к его детям от предыдущего брака. Пасынок – неродной сын одного из супругов (приходящийся родным другому). Других компонентов (таких как «совместное проживание» и пр.) в значениях этих слов нет.