Да, если внутри слов, заключенных в кавычки, встречаются другие слова, в свою очередь заключенные в кавычки, предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: внешние – «елочки», внутренние – „лапки”. Если для этого нет технической возможности, то закрывающие кавычки ставятся только один раз. Кавычки одного рисунка рядом не повторяются. 

Из главной части нужно убрать соотносительное слово то, а одну из придаточных частей оформить как вставку: В тех случаях, когда ограничения есть (например, если я сижу на важном совещании и взять и потянуться было бы невежливо), вариантов остается меньше.

Употребление этих знаков не регламентируется правилами правописания или издательскими справочниками.

Наречие по-другому всегда пишется через дефис. Правильно: Как вы это делаете? – По-другому. Правило таково: пишутся через дефис наречия, образованные от прилагательных и местоимений,  начинающиеся с по-  и  оканчивающиеся  на -ки, -ьи, -ому, -ему, например: по-русски, по-немецки (а также по-латыни), по-птичьи, по-соловьиному, по-иному, по-моему, по-пустому, по-прежнему, по-видимому.

Однако раздельно пишется сочетание предлога по и прилагательного другому, например: вчера я обращался к вам по одному вопросу, а сегодня обращаюсь по другому.

Верно: Вы сами; Вы сами так решили.

Справочники по техническому оформлению текста рекомендуют отбивать знаки номера и процента "на полукегельную". Если технически это невозможно, то уместно ставить пробел.

В «Русской грамматике» (М., 1980) в структуре слова будильник выделяется словообразовательный суффикс -льник-. Основанием для этого является то, что -льник- прибавляется за один словообразовательный шаг: буди(ть) – буди/льник/. Ср.: паять – паяльник, спать – спальник, светить – светильник. Эти существительные относятся к одному словообразовательному типу. Они называют предмет (орудие, приспособление), предназначенное для выполнения действия, названного мотивирующим словом.

Однако выделение суффикса -ник- тоже имеет некоторые основания. Этот суффикс в том же значении мы находим в других словах (например, плавать – плавник). Это дает возможность считать словообразовательной морфемой суффикс -ник-, а -ль- (звук, не обладающий собственным значением) – звуковой прослойкой между морфемами (такие части слова в науке называют интерфиксами или инфиксами). 

Согласно толковому словарю, глагол молоть имеет не только значение "дробить, размельчать", но и "получать что-л. в результате дробления, измельчения чего-л.": молоть муку, молоть фарш. Так что и образование прилагательного вполне логично.

Эти выражения плеонастичны, лексически избыточны.