Названия должности и ученой степени не являются однородными приложениями, если стоят до имени собственного, например: директор завода д-р экон. наук Петров. Но в позиции после имени собственного они становятся однородными: Петров, директор завода, д-р экон. наук.
Кавычки не нужны. Это значение слова желтый не является новым, непривычным.
Если имеется в виду Комиссия подтверждает, что ввод в эксплуатацию выполнен, то Ваш вариант неверен, его следует перестроить.
Сами по себе эти слова не требуют обособления, в остальном пунктуация зависит от строя предложения.
Возможны варианты: завод «Сигнал», г. Ставрополь; завод «Сигнал» (г. Ставрополь).
Такое сочетание корректно.
Ошибка есть. Верно: написана куча книг.
Такое сочетание возможно.
Правильно: задать вопрос.