Это слова пока что не зафиксировано нормативными словарями, однако практика его употребления показывает, что уже вполне утвердился вариант ютуб (строчными буквами, без кавычек). То же (отсутствие нормативных рекомендаций) касается и выбора предлога. Ваше предположение вполне логично. 

Речевая практика и история таких слов, как читабельный, не подтверждают справедливости этого мнения. Возможно, подобные ограничения диктуются стилистическими предпочтениями, но это означает, что следует обсуждать уместность слов в конкретных текстах, а не их принадлежность словарному фонду языка.  

Слово соответственно является вводным, если употреблено в значении «следовательно, значит». В данном случае значение другое, так что выделение этого слова не требуется.

Специального правила для склонения названий пещерных городов Крыма, конечно, нет. Есть общие закономерности склонения и практика употребления. Названия Тепе-Кермен и Бакла склоняются, см., например, статьи в «Большой российской энциклопедии» «Крым» (ср. близ Эс­ки-Кер­ме­на) и «Бакла».

Как представляется, предложение нуждается в правке, поскольку очевидно отступление от логико-понятийных оснований описания  (хотя современная речевая практика свидетельствует о распространенном уклонении от таких оснований). Логические основания: проведения процедур не требовали документы; 2 % от общего числа — это количество документов.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

В данном случае слово «Устав» пишется с прописной буквы, так как это сокращенное название конкретного документа. Такая практика сложилась в текстах официально-делового стиля. Например: Устав ООО "Ромашка", принятый на заседании правления ООО 13.05.203 (далее — Устав).