Предложение лучше перестроить. Возможный вариант: опрос, в котором приняли участие студенты вузов (425 человек) и учащиеся средних учебных заведений (281 человек).

В официально-деловом стиле речи предпочтительно при наименовании лиц по профессии, занимаемой должности, выполняемой работе, занятию, ученому или почетному званию и т. д. использовать существительные мужского рода. 

Это слова пока что не зафиксировано нормативными словарями, однако практика его употребления показывает, что уже вполне утвердился вариант ютуб (строчными буквами, без кавычек). То же (отсутствие нормативных рекомендаций) касается и выбора предлога. Ваше предположение вполне логично. 

Речевая практика и история таких слов, как читабельный, не подтверждают справедливости этого мнения. Возможно, подобные ограничения диктуются стилистическими предпочтениями, но это означает, что следует обсуждать уместность слов в конкретных текстах, а не их принадлежность словарному фонду языка.  

Специального правила для склонения названий пещерных городов Крыма, конечно, нет. Есть общие закономерности склонения и практика употребления. Названия Тепе-Кермен и Бакла склоняются, см., например, статьи в «Большой российской энциклопедии» «Крым» (ср. близ Эс­ки-Кер­ме­на) и «Бакла».

Как представляется, предложение нуждается в правке, поскольку очевидно отступление от логико-понятийных оснований описания  (хотя современная речевая практика свидетельствует о распространенном уклонении от таких оснований). Логические основания: проведения процедур не требовали документы; 2 % от общего числа — это количество документов.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.