Ставить два тире в этом случае нет никаких оснований. Верно: Сергей Сергеевич, еще вопрос: а в чем будет заключаться зачет?

Поскольку вводное слово к примеру находится в начале обособленного (в данном случае пояснительного) члена предложения, запятая после него не ставится. Кроме того, не нужна запятая между подлежащим компания и сказуемым предоставляет. Таким образом, корректно: Если компания предоставляет услуги или продукты, которые нельзя потрогать руками, к примеру программное обеспечение, то весь рабочий процесс проходит в информационных системах, где без особых затрат можно создать систему учёта выработок сотрудников.

Выражение «в том числе» в данном предложении не выделяется запятыми.  

К сожалению, ситуация, когда рекомендации одного словаря противоречат рекомендациям другого, не редкость. Словари составляются разными авторами (или авторскими коллективами), живущими в разных городах, представляющими разные лингвистические школы. У этих авторов вполне могут быть противоположные точки зрения по одному и тому же вопросу. Вряд ли возможно найти два таких авторитетных нормативных словаря, которые ни в одной словарной статье не противоречили бы друг другу.

И всё-таки считать варианты подпись и роспись полностью равнозначными сейчас вряд ли оправданно, рекомендация словаря Т. Ф. Ефремовой спорная. Отстоять свою правоту Вы можете ссылками на другие толковые словари русского языка. Например, в «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой у слова роспись такого значения нет (есть значения 'действие по глаголу расписать', 'письменный перечень чего-либо' и 'живопись на стенах, потолках, предметах быта'). В «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова указано, что слово роспись допустимо употреблять в значении 'подпись' лишь в разговорной речи (иными словами, и здесь варианты не признаются равнозначными). О том, что роспись нельзя использовать вместо подпись, писала филолог, журналист Марина Королёва в книге «Говорим по-русски с Мариной Королёвой» (М., 2003). Таким образом, большинство лингвистов за то, чтобы не признавать варианты подпись и роспись в данном значении равноправными.

Глаголы уплатить и заплатить совпадают в значении "отдать деньги в возмещение чего-либо": заплатить за квартиру – уплатить за квартиру. Таким образом, они синонимичны.

Однако в значении "возместить, воздать" употребляется только глагол заплатить: заплатить злом за добро (но не уплатить).

Да, неясно, к какому слову относится последний причастный оборот. Поэтому рекомендуем поставить между двумя оборотами союз и: Возмещению подлежит часть затрат на уплату процентов по кредитам, привлеченным в российских кредитных организациях и направленным на приобретение основных оборотных средств.

Оба варианта возможны. Нужно выбрать один из них и придерживаться его.