В этом предложении оборот с союзом как может быть понят двояко: 1) «в качестве не имеющих практической ценности» — запятая не требуется; 2) «потому что не имеют практической ценности» — запятая требуется. Окончательное решение принимает автор с учетом широкого контекста предложения.

В этом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как своих воспитанников = «в качестве своих воспитанников» (он выращивал эти деревья), запятая не нужна; если как своих воспитанников =  «так же, как любят своих воспитанников» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна.

Оборот с союзом как здесь обособляется, потому что приложение особый, ни на что не похожий случай имеет добавочние значение причины (проблема будет решаться отдельно, потому что это особый случай). См. параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Поскольку прямая речь заканчивается восклицательным знаком, после нее ставится тире вместо запятой, требующейся перед союзом но (см. пункт в) параграфа 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Он хотел крикнуть: «Хватит!» — но что-то остановило его.

Если речь идет о запятой после знаю, то она ставится по правилам пунктуации в сложноподчиненном предложении. Слова зачем и кому являются союзными словами, которые присоединяют придаточную изъяснительную часть. Если речь идет о непоставленной запятой перед союзом и, то она действительно не ставится между однородными союзными словами.

Запятая в позиции (2) не нужна. Между союзом и, в данном случае соединяющим части сложносочиненного предложения, и словом поэтому, с которого начинается вторая часть, нет оснований ставить запятую. Слово поэтому в словарях имеет разную грамматическую квалификацию, но ни в одном источнике не характеризуется как вводное слово.

Оборот с союзом как не выделяется запятыми при передаче значения 'в качестве': Я как бывший директор прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд. Но запятые ставятся, если усматривать здесь значение причины (понимаю, потому что был директором): Я, как бывший директор, прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд.

В этом предложении сочетание по расчетным данным указывает на источник информации и является вводным. Обратите внимание, что перед союзом и запятая не нужна, так как он соединяет однородные сказуемые: Толщина определяется расчетом и, по расчетным данным, составляет 1200 мм для цилиндрической части и 1000 мм для купола.

Двумя запятыми выделен деепричастный оборот (вторая из них к тому же поставлена перед союзом но между частями сложносочиненного предложения); запятая разделяет однородные сказуемые не просил и чернел, соединенные бессоюзной связью; запятая поставлена между однородными определениями сером и блестящем посередине от масла (первое из них одиночное, второе распространенное).

Запятая не нужна. Оборот с союзом как не обособляется, если он образует именную часть составного сказуемого или по смыслу тесно связан со сказуемым (обычно в этих случаях сказуемое не имеет законченного смысла без сравнительного оборота). Здесь действует именно это правило: не имеет смысла сочетание она относится к своей работе.