Запятая нужна, т. к. в данном предложении союз или является не разделительным, а пояснительным (его можно заменить на то есть). Пояснительные конструкции требуют обособления.

Правильно: Руководителям или лицам, назначенным исполняющим их обязанности и назначенным в установленном порядке соответствующим приказом, в срок до 30 сентября 2024 г. ....

Запятая ставится потому, что здесь представлены повторяющиеся союзы ли... или. Запятая не ставится в сложносочиненном предложении, где части представляют собой вопросительные предложения, перед одиночным союзом или. См. § 112 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Не ставится запятая в цельных фразеологизированных сочетаниях с повторяющимися союзами и... и, ни... ни (они соединяют слова с противопоставляемыми значениями): и день и ночь, и стар и млад, и смех и горе, и там и сям, и то и се, и туда и сюда, ни два ни полтора, ни дать ни взять, ни сват ни брат, ни взад ни вперед, ни дна ни покрышки и т. д.

Сочетание и сложны, и просты, на наш взгляд, к фразеологизированным не относится.

В примечании 4 к параграфу 49.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных случаях вставка оформляется только запятыми: Моделирование, отмечает И.И.Иванов, обеспечивает доступность для исследования причин изменений… Предполагается, что автор стремится передать общее, фактическое содержание передаваемой речи. Добавим, что если автор хочет подчеркнуть, что цитирует источник дословно, оформление фрагмента как прямой речи уместно: «Моделирование, — отмечает И.И.Иванов, — обеспечивает доступность для исследования причин изменений…».

Прямая речь, при которой указание на источник сообщения не содержит глагола, не описана в справочниках (сравним вариант с глаголом: Завод заявил об увеличении поставок, сообщает Reuters). В таких случаях можно ориентироваться на практику СМИ, где используется тире без запятой: Завод заявил об увеличении поставок — Reuters.

Есть правило: после однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также, запятая не ставится, т. е. он не обособляется.

Согласно орфографическим нормам, с прописной буквы пишутся только названия высших государственных должностей, и то лишь в текстах официальных документах. Такие названия должностей, как министр, губернатор (и тем более генеральный директор, председатель комиссии, мэр), пишутся строчными.

Однако написания, принятые в современной официальной документации, зачастую противоречат орфографическим нормам. Такова ситуация и со словом министр. Написание этого слова с прописной рекомендовано, например, «Кратким справочником по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации». Поэтому, если речь идет об официальной документации (как в вопросе, на который Вы ссылаетесь), приходится давать соответствующие рекомендации.