Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

В значении "вообще говоря" запятая ставится.

ВООБЩЕ, вводное слово и междометие

1. Вводное слово. То же, что «вообще говоря». Подробно о пунктуации при вводных словах и сочетаниях см. в Прил. 2.

Изнутри сарай не запирался, и, вообще, все эти сараи напоминают картонные ящики. В. Короленко, Дом № 13. В руках у него был небольшой кейс-дипломат, и, вообще, всей своей прекрасной внешностью он напоминал мне где-то виденную рекламу первого национального банка Америки. Ю. Визбор, Завтрак с видом на Эльбрус. 

2. Междометие. То же, что «ну и ну, вот это да!» Обособляется или оформляется как отдельное предложение-реплика.

Ну и дела у вас тут творятся! Вообще!

! Не смешивать с употреблением в роли члена предложения (в знач. «в целом, в общем; совсем, при всех условиях»).

Инсаров не любил распространяться о собственной своей поездке на родину, но о Болгарии вообще говорил охотно со всяким. И. Тургенев, Накануне. Поручик взглянул на него растерянно и с изумлением: как это можно так спокойно сидеть на козлах, курить и вообще быть простым, беспечным, равнодушным? И. Бунин, Солнечный удар. Человеку вообще незачем сидеть на краю обрыва. А. и Б. Стругацкие, Улитка на склоне.

Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу: Если не мешать рынку, то он сам сделает людей богатыми (по крайней мере, тех, кто готов работать и образовываться).

Можно обратиться к печатным изданиям. В недавно вышедшем в свет 4-м издании «Русского орфографического словаря» РАН (М., 2012) зафиксировано:

спа, нескл., м. и с.  (курорт с минеральными водами; водные процедуры)

спа... – первая часть сложных слов, пишется через дефис.

Таким образом, спа в рассматриваемом значении пишется строчными, может употребляться и как самостоятельное слово, и как первая часть сложных слов: спа-процедуры, спа-салон. При самостоятельном употреблении спа может выступать и как существительное мужского рода, и как существительное средного рода.

В данном контексте корректно только слитное написание: Ограничение приема записей пользователя может быть осуществлено в связи с нарушением Соглашения о пользовании, также размещенного на официальном сайте и доступного по адресу... Здесь также — синонимичный тоже присоединительный союз, который употребляется для введения в предложение обособленного оборота и указывает на то, что предмет, действие, признак и т. п., названные в нём, сходны, подобны упомянутым ранее предмету, действию, признаку и т. п., а сам оборот имеет характер примечания, пояснения или уточнения.

Часть вопросов была пересена в архив. Повторяем ответ на тот вопрос.

Сколько слов точно, не знает никто, написать точное число невозможно. В языке постоянно появляются новые слова (и новые значения слов) и уходят старые. Все словари (а по словарям можно сказать о наличии слов хотя бы примерно) указывают на отсутствие исчерпывающей полноты словника. Совершенно определенно можно сказать, что русский язык по лексическому составу не уступает другим языкам. Лингвисты полагают, что в современном русском языке примерно пятьсот — шестьсот тысяч слов.

Если говорить о лексическом составе, то вот данные о количественных характеристиках лексиконов, приведенные в книге Н. Б. Мечковской «Общее языкознание: Структурная и социальная типология языков» (М., 2001):

• 500 тыс. слов — тезаурус языка с тысячелетней письменной традицией;

• 130 тыс. слов — общеупотребительный сводный лексикон современного языка;

• 21 тыс. слов — в Словаре языка Пушкина;

• 20 тыс. слов — в тексте сочинений Шекспира;

• 19 тыс. слов — в «Войне и мире» Л. Толстого;

• 25 668 слов — знают японские школьники в 12 лет, 31 240 — в 13 лет;

• 10—12 тыс. слов — активный словарь выпускника английской средней школы, 20—25 тыс. слов — выпускника колледжа, 56 тыс. слов — университетского преподавателя.

Предлог служит для выражения синтаксической связи между словами в словосочетании, он не называет предмет (как существительное), действие (как глагол), признак (как наречие). Производный предлог, образовываясь от знаменательного слова, обретает новое лексическое значение, отличное от значения мотивирующего слова. Например, предлог насчет (узнать насчет отпуска) означает «относительно кого-либо, чего-либо» и со значениями существительного счет смысловой связи не имеет.

Однако часто связь – более или менее тесная – со значением мотивирующего слова может сохраняться. Чем теснее эта связь, тем затруднительнее определить, стало ли знаменательное слово служебным или еще нет. Например, предлог в течение (в течение трех часов) сохраняет метафорическую связь с существительным течение. 

Если необходимо узнать, признается ли то или иное сочетание предлогом или еще нет, можно обратиться к академической «Русской грамматике» или к специализированным словарям:

Объяснительный словарь русского языка. Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы : около 1 200 единиц / под ред. В. В. Морковкина ; Гос. ин-т рус. яз. им. А. С. Пушкина. – Изд. 2-е, испр. – Москва : Астрель : АСТ, 2003. – 421, [4] с.

Рогожникова Р. П. Толковый словарь сочетаний, эквивалентных слову : около 1 500 устойчивых сочетаний русского языка / Р. П. Рогожникова. – Москва : Астрель : АСТ, 2003. – 414, [1] с.