Об организации (структуре): управление чего. О деятельности: управление чем.

Корректно слитное написание, ср. с другими словами подобной структуры.

Таких правил нет. Знаки препинания нужно расставлять, анализируя структуру предложения. 

Двоякое восприятие вполне возможно. Хотя структура предложений располагает к Вашему варианту прочтения. 

Полагаем, двоеточие уместно. О заголовке подобной структуры см. ответ на вопрос 318262.

Морфемный анализ слова вынуть (вынул) может быть выполнен по-разному, выбор решения определяется подходом к описанию морфемной структуры слов.

В «Словаре морфем русского языка» под. ред. А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой это слово считается словом с нулевым корнем, в котором выделяются приставка вы- и суффикс ну-. По мнению авторов словаря, членение слова на морфемы должно осуществляться на максимальную историческую глубину, поэтому вариантами нулевого корня (алломорфами) в этом словаре считаются следующие морфемы: -им- (иметь), -ем- (восприемник), -ём- (отъём), -ым- (отымать); -ним- (воспринимать, отнимать, вынимать); -ня- (воспринять, отнять); -я- (отъять). Установить словообразовательные связи между рядом слов с этими вариантами корня в современном языке зачастую затруднительно.

Противоположная позиция представлена в словообразовательных словарях, прежде всего в «Словообразовательном словаре» А. Н. Тихонова. В этом словаре слово вынуть считается непроизводным, так как без привлечения исторического анализа невозможно предложить для него производящее слово и точно установить значение корня. А следовательно, слово состоит из корня выну- и показателя инфинитива -ть. От непроизводного глагола вынуть, по А. Н. Тихонову, образуется глагол вынимать (алломорф корня ― выним-) и существительное выем (алломорф корня выем-).

Однако глагольная приставка вы- и глагольный суффикс -ну- обладают достаточно ярким собственным значением и в этом значении регулярно выделяются в других глаголах. Ср.: выбросить, вынырнуть, выпорхнуть, выпрыгнуть, вытолкнуть и др. Поскольку морфемный анализ, кроме учета формо- и словообразующей структуры слова, предполагает членение по аналогии, представляется обоснованным выделять в слове вынуть приставку вы- и суффикс ну-. Корень можно рассматривать как нулевой или считать, что слово не имеет корня, поскольку материально в современном языке он не выражен. Тем не менее необходимо понимать, что различные исторические процессы привели к тому, что в этом слове на определенном этапе сонанты слились в корень из одного звука ― звука н. При соединении этого корня с суффиксом ну- в слове произошло наложение морфем, подобное явление можно наблюдать, например, при образовании слова розоватый ← розов-ый + суффикс -оват- (накладывается ов из розов- и ов из -оват) и во многих других случаях словопроизводства. При таком подходе в слове вынуть мы выделим корень -н-, на который наложился суффикс -ну-. В форме вынул присутствует также формообразующиий суффикс -л- и нулевое окончание. 

Не всегда. Постановка запятой зависит от синтаксической структуры предложения, интонации и др. факторов.

Смысл и структура предложения не вполне ясны, поэтому сложно давать рекомендации по поводу запятых.

Очевидно, в случаях, когда необходимо привести точное название продукции — в перечнях товаров и прочих документах — определяемое слово конфеты само по себе не выражает нужного смысла и нуждается в определении (см. пункт 2 параграфа 18.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Здесь структурный принцип (необходимость обособить причастный оборот в постпозиции) уступает место смысловому.

Из структуры фразы следует, что заключенные в скобки слова служат пояснением к словам "по инвалидности".