Этимологически имена Никита и Николай, действительно, родственные: Никита – от греческого никетас 'победитель', Николай – от греческого Николаос от никао 'побеждать' и лаос 'народ' – другими словами, оба имени восходят в конечном итоге к одному и тому же греческому корню нике 'победа', никао 'побеждать'. Однако в современном русском языке Никита и Николай – два совершенно разных имени, а Никитич и Николаевич – соответственно разные отчества, называть Никитича Николаевичем (и наоборот) нельзя. Что касается замены отчества – она возможна только в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (любое лицо, достигшее 14-летнего возраста, вправе переменить фамилию, имя и / или отчество, обратившись в органы записи актов гражданского состояния).

Об приведенных примера — сложноподчиненные предложения. И запятые, которые Вы указали, обозначают конец придаточного предложения. Эти запятые нужны.

В данном случае томлённый - причастие (так как есть зависимое слово), поэтому следует писать две Н: томлённый под крышкой.

Вот цитата из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006 и последующие издания):

«Косолинейные сокращения употребляются вместо словосочетаний, реже – сложных слов, напр.: а/я (абонентный ящик), к/т (кинотеатр), х/б (хлопчатобумажный), об/мин (оборот в минуту), р/с и р/сч (расчетный счет); в этих случаях после сокращенных элементов слов точки не ставятся».

Прописные и строчные буквы написаны правильно.

С существительными, прилагательными, наречиями на −о отрицание не пишется раздельно в составе конструкций, усиливающих отрицание:

а) со словами вовсе не, отнюдь не, далеко не, ничуть не, нимало не, напр.: Этот случай вовсе не уникален; Это отнюдь не очевидно; Она далеко не храбрая; Человек он ничуть не глупый; Нимало не смущён; 

б) с отрицательными местоименными словами: нисколько не, никак не, никого не, никому не, никем не, никогда не, никуда не, никакой не, ничего не, ничему не, ничем не и т. п., напр.: Случай никак не подходящий; Никуда не годный проект; Никакой он мне не приятель; нисколько не завистливый, никому не нужный, ни в коем случае не бесполезный, ни на что не годный, ни к чему не способен, ничем не интересный; Он нисколько не красивее своей сестры;

в) с союзом ни… ни, напр.: Ни хозяевам, ни гостям не известный мужчина; Не нужный ни мне ни тебе.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.