Различия есть: в предложении С учёбой (—) беда слово беда имеет значение 'плохо, скверно' и близко по функции к словам категории состояния (аналогично обстоит дело со словом засада в предложении С контрольной (—) засада), а в предложении С дедушкой (—) беда слово беда употреблено в значении 'несчастье, горе' и выполняет функцию подлежащего в эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым). В эллиптических предложениях тире ставится при наличии паузы и не ставится при её отсутствии. Что касается случаев первого типа, то пунктуация в них не кодифицирована, но, как представляется, здесь можно действовать аналогичным образом: ставить или не ставить тире в зависимости от паузы.

Корректно: Умер дедушка, и, когда Эрик спросил: «И где он теперь?», —  мама ответила: «На небе».

В этом предложении у сказуемого прибавила имеются два обстоятельства образа действия (с улыбкой и так), поэтому между ними ставится запятая. 

После начальных оборотов с производными предлогами запятая не нужна. Подробнее об обособлении подобных конструкций см. в «Справочнике по пунктуации». 

Корректно: эмир бухарский, эмир Бухарского эмирата.

Фраза построена неудачно. 

На обособление или необособление обстоятельственных оборотов, например оборотов с предложным сочетанием в зависимости от, влияют разные факторы, в частности смысловой. В приведенном примере запятая перед оборотом будет нужна, если важно подчеркнуть, что сумма будет изменчивой в принципе (тогда оборот будет попутным замечанием), и не нужна, если важно подчеркнуть не саму по себе изменчивость суммы, а ее зависимость от чего-либо.

Корректно написание со строчной буквы. 

Предпочтительно раздельное написание. Запятая ставится, кавычки не нужны. Проработать в профессии - неудачное сочетание.

Как правило, выбор предлога зависит от того, с одушевленным существительным он употребляется или с неодушевленным: долг по отношению к кому-то, долг в отношении чего-то.