Да, это тоже согласование: зависимое слово уподобляется в выражении грамматических значений главному слову, т. е. принимает форму того же числа и падежа (пятого класса, о пятом классе, пятых классов). Заметим, что в научной грамматике (в отличие от школьной) нет понятия 'порядковые числительные'; такие слова, как первый, второй, пятый, сотый, согласно научной грамматике – счетно-порядковые прилагательные.

Правильно: патолого-анатомический. Пишутся через дефис сложные прилагательные с первой частью на лого, производной от слова на -логический (геолого-... от геологический, морфолого-..., патолого-..., психолого-..., социолого-..., травматолого-..., физиолого-..., эколого-...), а также с первой частью на -ико, производной от слова на -ический, -ицинский (акустико-... от акустический, героико-..., клинико-..., медико-.. от медицинский), и с самостоятельно употребляемой второй частью.

Склонение мужской фамилии Авдеёнок обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Авдеёнка, Авдеёнку и т. д.) и с сохранением гласного (Авдеёнока, Авдеёноку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Склонение мужской фамилии Коток обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Котка, Котку и т. д.) и с сохранением гласного (Котока, Котоку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Корректен вариант Девочка сорвала с куста смородины веточку и, восхищённая ароматом почек, догнала своего спутника и передала ему веточку. Сказуемые догнала и передала объединены в пару оборотом восхищенная ароматом почек, поэтому два союза и имеют здесь разный статус: второй объединяет пару сказуемых догнала и передала, первый же соединяет сказуемое сорвала с парой догнала и передала.

При обратном порядке компонентов (вначале сказуемое, затем подлежащее) при подлежащем, выраженном количественно-именным оборотом, обычно употребляется сказуемое в единственном числе. В том виде, в каком предложение приведено в вопросе, оно является сложносочиненным с неполной второй частью — тире, очевидно, поставлено на месте отсутствующего сказуемого, сравним: Возникает несколько выводов, и ещё больше возникает вопросов. Следовательно, здесь запятая нужна.

Запятая перед союзом и должна быть поставлена. Это сложносочиненное предложение с двумя грамматическими основами: Екатерина провела (переговоры) и решение было принято. Эти грамматические основы не объединяет какое-либо обстоятельство, частица, придаточная часть и т. д. Полный список объединяющих факторов см. во второй части параграфа 112 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). 

Запятая не нужна. Запятая не ставится перед союзом что в выражении только и... что, за которым следует существительное или местоимение. Но если конструкция, содержащая в первой части сложную частицу только и, глагол делать (сделать, знать) и союз что, имеет во второй части глагол, то перед что запятая ставится. Ср.: Он только и делал, что говорил о вчерашнем триумфе.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: не большие, а маленькие деньги): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: небольшие, но вполне реальные деньги (= деньги небольшие, но при этом реальные).

Приведенного Вами контекста теперь достаточно, чтобы ответить на вопрос. Поскольку во второй части предложения есть соотносительное слово то, запятая между что и если не ставится: ...понял, что если ему удастся спасти Источник (...), то, пожалуй, всё здесь со временем придёт в норму...

Слова тем не менее вводными не являются. О пунктуационном оформлении этих слов см. в «Справочнике по пунктуации».