Эти слова относятся к разным парадигмам: у слова среда подвижная акцентная парадигма (как нога, гора), а у слова четверг — неподвижная, на окончании (как вол, стол). Это результат исторического развития.

Проверить гласную в прилагательном чёткий можно его краткими формами: (она) четка́, (они) четки́. Проверить гласную в слове чернила однокоренным с исторической точки зрения прилагательным чёрный возможно.

1. Кого предпочел, тот больше и нравится. Предпочел Толстого = больше нравится Толстой.

2. Исчезновение гласных в некоторых морфемах при словоизменении и словообразовании связано с историей русского языка. В древнерусском языке были особенные краткие гласные – «ер» и «ерь», которые на письме обозначались буквами Ъ и Ь. Они встречались как в ударных позициях, так и в безударных. К ХIII веку эти гласные ушли из употребления: в одних позициях они перешли в звуки [о] и [э], а в других просто перестали произноситься. Например, слово сон звучало как сънъ. Первый гласный ъ был ударным– он перешел в о, второй – безударный – исчез. Получилось сон. А в других формах корневой гласный оказался безударным (съна, съну, съном), поэтому его не стало, и получилось сна, сну, сном и т. д. В тех же словах, где о было исконное, а не развившееся из ъ, оно не исчезало, как не исчезает и в заимствованных словах. Ср.: рот – рта (о из ъ), но дом – домами (исконное о), брелок - брелоки (заимствованное слово).

Правильно: убралА, проспалА (ударение на последний слог). Определённого правила нет, часто у глаголов в формах прошедшего времени женского рода ударение переходит на окончание. Если возникают сомнения, следует проверять произношение по словарю (например, см. окно «Искать на Грамоте» на нашем портале).

Норма определяет, что оба варианта верны: гро́здьями и гроздя́ми.

Правильно: выдать Шкапе Максиму, отчислить Шкапу Максима. Вопрос о происхождении вынуждены оставить без ответа (см., например www.familii.ru).

Изначально единственно правильным было ударение петля. Например, в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959) только этот вариант указан в качестве нормативного. Но позднее словари стали допускать и ударение петля. Сейчас в большинстве словарей русского языка варианты петля и петля даны как равноправные. При этом словари, адресованные работникам эфира (где выбирается только один вариант произношения, даже при наличии в языке равноправных вариантов), выбирают в качестве рекомендуемого для эфира ударение петля.

Вы приводите примеры склонения существительных твердой и мягкой разновидности. Окончания у них одинаковые: не забывайте, что буква Я обозначает мягкость предыдущего согласного и звук [а], буква Ю – мягкость предыдущего согласного и звук [у]. Теперь сравниваем окончания: ок[на] – мо[р'а], ок[ну] – мо[р'у]. Окончания одни и те же.

Что касается формы винительного падежа у существительных 2-го (по школьной грамматике) склнения, то здесь дело в одушевленности/неодушевленности. У одушевленных существительных винительный падеж совпадает с родительным (вижу деда, вижу коня), у неодушевленных – с именительным (вижу стол, вижу пень).