Скорее, следует сопоставить предложения типа нет чего-либо – не было чего-либо – не будет чего-либо (так называемые безличные предложения). Нетрудно заметить, что в настоящем и будущем времени согласование сказуемого и дополнения по грамматическому роду не происходит (слова нет и не будет не имеют показателя рода). В прошедшем времени для подобных конструкций фиксированно употребляется средний род  сказуемого (не было).

Правильно: среднее специальное учебное заведение (ссуз); совместно с высшими и средними специальными учебными заведениями города. 

В продолжение вопроса о среднем специальном образовании: обратите внимание, сейчас среднее специальное учебное заведение – это образовательное учреждение среднего профессионального образования). Согласно Федеральному закону «Об образовании в Российской Федерации», в нашей стране устанавливаются следующие уровни профессионального образования: 1) среднее профессиональное образование; 2) высшее образование – бакалавриат; 3) высшее образование – специалитет, магистратура; 4) высшее образование – подготовка кадров высшей квалификации.

Аббревиатура НАТО используется как существительное мужского рода (в результате влияния сочетаний со словами альянс, блок, договор), женского рода (по опорному слову организация) и среднего рода (по фонетическому облику, ср. с другими словами на -О: пальто, метро, кино). Испытывает колебания в роде аббревиатура ЮНЕСКО (фонетический облик подсказывает средний род, а опорное слово организация – женский). АСЕАН используется как существительное женского рода (опорное слово ассоциация).

Сочетание высокий вклад неудачно. В «Словаре сочетаемости слов русского языка» под ред. П. Н. Денисова и В. В. Морковкина приводится следующий ряд прилагательных, которые могут соседствовать со словом вклад: большой, крупный, заметный, значительный, существенный, важный, серьезный, весомый, огромный, громадный, достойный, ценный, выдающийся, неоценимый.

Не вполне ясно, что Вас удивляет. Географические названия, выраженные прилагательными, согласуются с существительными, т. е. принимают форму того же рода, числа, падежа: станица (женский род) Прохладная, станция (женский род) Прохладная, но город (мужской род) Прохладный; улица (женский род) Коломенская, станция (женский род) «Коломенская», но проезд (мужской род) Коломенский. Что касается музея-заповедника, то его название Коломенское объясняется, тем, что когда-то на его месте было село (средний род) Коломенское.

Правда – что слово кофе можно употреблять в разговорной речи как существительное среднего рода, неправда – что теперь: указание на допустимость такого употребления находим еще в словарях 1970-80-х гг. (см., например, Скворцов Л. И. Правильно ли мы говорим по-русски? М.: Знание, 1980). При этом средний род слова кофе (и раньше, и сейчас) – допустимое разговорное употребление; согласно строгой литературной норме слово кофе (и раньше, и сейчас) – существительное мужского рода.

Сочетание согласных шн на конце слова чуждо русской фонетической системе. По мере освоения русским языком слов с таким сочетанием их звуковой состав меняется: между согласными появляется гласный звук, причем сначала это может происходить при склонении слова, например: от ресепшена, к ресепшену. Сравните с краткими формами прилагательных, в которых финальное сочетание шн так же разбивается гласным, например: грешен, хотя грешный, грешна; великодушен, хотя великодушный, великодушна. (См. также словарную статю слова ресепшен ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря»). Конечное сочетание именительного падежа вр в косвенных падежах не разбивается гласным звуком (у шедавра, мавра, кентавра, динозавра), русская фонетика приняла такое сочетание. 

Действительно, в § 19 «Правил русской орфографии и пунктуации» (1956) правило изложено именно в таком виде:

«Суффикс -ичк- пишется в существительных женского рода, образованных от слов с суффиксом -иц-, например: лестница – лестничка, пуговица – пуговичка, ножницы – ножнички» (См.:https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pravila-russkoj-orfografii-i-punktuacii/neudaryaemye-glasnye-v-suffiksah).

Длительное время орфографические справочники и учебные пособия по русскому языку ориентировались только на свод правил 1956 г., поэтому правило в них и появлялось. Однако даже примеры, иллюстрирующее правило в своде, наводят на мысль, что формулировка является неточной: например, в списке есть слово ножницы, не имеющее формы ед. числа, а следовательно, и категории рода. Тем не менее правило достаточно хорошо работало, поскольку большая часть слов с -ичк- действительно относится к женскому роду.

Более корректная формулировка правила, касающегося написания –ичк-, содержится в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» (под ред. В. В. Лопатина), представляющего собой дополненную редакцию действующих «Правил русской орфографии и пунктуации» (1956):

Формулировка не содержит никаких указаний на род производящего слова: написание -ичк- предполагает наличие -иц- или -ик- в производящей основе.

Орфографический словарь определяет слово ай-кью как слово среднего рода по общему правилу: иноязычные несклоняемые существительные, называющие неодушевленные предметы и оканчивающиеся на гласные, обычно относятся к среднему роду. В речевой практике, однако, преобладает употребление этого слова как слова мужского рода (твой ай-кью) — видимо, под влиянием родовой характеристики слова коэффициент. При сохранении этой тенденции можно в будущем ожидать изменений в словарных рекомендациях. В словаре иностранных слов Е. Н. Шагаловой род этого слова уже сейчас определяется как средний и мужской.