Запятая не ставится (части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией, а также общей частью предложения).

Корректно использование формы родительного падежа при наличии отрицания: не прошло и двух лет (ср.: прошло два года). Существительное в форме, совпадающей с формой р. п. ед. ч., употребляется при количественном числительном в форме им. п. (а также в. п. в случае с неодушевленными существительными второго склонения). Если же числительное стоит в другой падежной форме, то существительное согласуется с ним во мн. ч.

Запятая перед словом закладная не нужна.

Корректно: В связи с новым порядком оформления собственности закладная, а также отчёт об оценке при подаче документов не требуются.

Верно: Доскональное изучение вазы, а также систематическое обсуждение её содержимого могут быть сочтены за нарушение правил.

Термин ложнооперированный пишется слитно.

Принципиальной разницы нет.

Приложение индивидуальный предприниматель Иванова Анна Александровна в обоих случаях следует выделить либо запятыми, либо тире с обеих сторон.

Слова "тем не менее" не используются как вводные.

ТЕМ НЕ МЕНЕЕ, частица и союз

1. Частица (часто в сочетании с противительными союзами «а», «но», а также в предложениях с союзами «хотя», «несмотря на то что», «пусть» и др.). Не требует постановки знаков препинания. 

Мюллер долго наблюдал за тем, как медленно, еле заметно, но тем не менее неуклонно лучи двигались по комнате. Ю. Семенов, Экспансия-I. Несмотря на то, что Ягозин был кровным детищем Петербурга… он весь тем не менее состоял из одной быстроты и юркости. Д. Григорович, Карьерист.

2. Союз (между частями сложносочиненного предложения). То же, что «но, однако». 

…Это были все-таки карты, несколько захватанные, затертые пальцами по краям, тем не менее невозможно было представить, что в них играли за столом... Ю. Бондарев, Горячий снег.

К сожалению, из текста нельзя сделать однозначный вывод. Можно предположить, что речь идет об эстакадах, мостах и путепроводах, на которых имеется менее трех полос для движения в одном направлении.

Распространенные приложения, стоящие после определяемого слова — существительного или местоимения, а также отделенные от них другими членами предложения или относящиеся к отсутствующему члену предложения, обособляются запятыми. таким образом, верно: Необходимо перевести Иванова И. И., старшего документоведа, на период отсутствия основного работника...