Пунктуация зависит от того, является ли ну усилительной частицей или междометием. Различить их можно по смыслу, которы вкладывает автор, и интонации. Если после ну делается пауза, то в приведенных примерах это может быть междометием, то есть запятые стоит поставить.

Но при отсутствии паузы в первом и третьем предложениях ну может выступать и как усилительная частица — тогда запятая не ставится.

Фраза построена неудачно. Возможные варианты: Иванов Петр Иванович, родившийся 23.05.1999; Иванов Петр Иванович, 1999 г. р.  Однако следует признать, что формулировка такой-то, 01.01.1990 года рождения... устоялась в канцелярской речи и вошла во многие шаблоны и образцы. В ней возможны варианты пунктуации: либо поставить обе запятые (выделить дату рождения как уточнение), либо убрать оба знака.

Рекомендуем поставить тире: Историк Лев Лурье — о грядущем переезде СПбГУ в Гатчину.

Тире ставится в неполных предложениях, состоящих из двух компонентов со значением субъекта, объекта, обстоятельства (в разных сочетаниях) и построенных по схемам: «кто — кому», «кто — где», «что — кому», «что — куда», «что — как», «что — где», «что — за что» и др. Такие предложения распространены в газетных заголовках.

В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

1. Причастие с не может писаться как слитно, так и раздельно. Раздельное написание подчеркивает отрицание (перед причастием с не мысленно можно подставить слово вовсе). 2. По правилам тире после мы не ставится. Но в авторском тексте можно поставить интонационные тире (если после мы делается пауза).

Стихотворный отрывок написан без ошибок, только не хватает точек после предложений.

Если существительное не имеет формы ед. ч., то у нас нет формальных (школьных) методов для определения рода (хотя в "Грамматическом словаре русского языка" А. А. Зализняка род указан и для таких слов). Если существительное употреблено в форме мн. ч., но при этом его можно поставить в форму ед. ч., тогда никаких проблем с определением рода быть не должно.

Если текст в скобках не отделен от абзаца, то точку обычно ставят после скобки: ...и я его очень любила (по тексту "Дневника" Юлии Петровой).

Но, поскольку в Вашем случае источник цитаты указывается на следующей строке (как, например, в эпиграфе), рекомендуем поставить точку после цитаты, а после скобок не ставить:

...и я его очень любила.

(по тексту "Дневника" Юлии Петровой)

Ваши рассуждения верны: определения прекрасные и заповедные действительно характеризуют место с разных сторон: красота и труднодоступность. Они не являются однородными и не разделяются запятой. Но запятую всё-таки можно поставить — если рассматривать заповедные как пояснительное определение к слову прекрасные (прекрасные, а именно заповедные, т. е. красота мест обусловлена их нетронутостью). Такое пунктуационное оформление предполагает и соответствующую интонацию.

Если сочетание как могли обозначает «по мере сил», то оно, как устойчивое сочетание, не требует обособления. Правда, в этом случае в приведенном контексте образуется сочинительное словосочетание могли и победили, что разрушает исходные связи слов. Чтобы избежать образования этого словосочетания, между сказуемыми нужно поставить тире, что уместно и для подчеркивания значения следствия: Выживали как могли — и победили...