Подобного рода «отраженная» речь не требует кавычек. Что касается знаков конца предложения, то они ставится в зависимости от интонации: Почему ты такой злой? — Как почему? Потому что голодный; Что тебя разозлило? — Что-что... Голод.

Донья — актуальная, правильная форма мн. числа существительного дно. Но такая форма используется, только если речь идет о нижней части емкости, сосуда, вместилища. Донья бутылок, донья бочек — корректно, а вот донья морей — уже нет, верно: дно морей.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

Если речь идет о правовой квалификации соответствующего высказывания, то она дается судом. Суд вправе назначить лингвистическую экспертизу, которая определяет, есть ли в анализируемом высказывании языковые признаки унижения чести, выраженного в неприличной форме. Справочная служба проведением подобных экспертиз не занимается.

Эти прилагательные образованы от разных существительных:

МЕТОДИКА, -и; ж. [от греч. methodikē - правила речи] чего. 1.Совокупность методов, приёмов практического выполнения чего-л. М. научного исследования. М. сварки труб большого диаметра. 2.Раздел педагогики, рассматривающий методы преподавания учебных предметов, воспитания кого-л. М. преподавания истории.М. дошкольного воспитания. <Методический (см.). 

МЕТОДОЛОГИЯ, -и; ж. [от греч. méthodos - метод и lógos - учение] чего и с опр. Методы, приёмы, используемые при познании чего-л. и объединённые общей целью, задачей и т.п. М. описания истории. Материалистическая м. <Методологический, -ая, -ое. М-ие приёмы. М-ая позиция. Методологически, нареч. М. точно отразить явление. 

В данном случае речь идет о счетной форме существительных (особой форме множественного числа, которая используется с числительными при указании точного количества). Счетная форма обычно указывается в словарях. Согласно орфографическому словарю, верно: пять килограмм и пять килограммов, но только: пять мегабайт.

В обоих случаях запятые нужны. Оборот со значением отождествления, приравнивания не выделяется, когда речь идет о каком-то предмете, человеке. В Ваших предложениях сравнительные обороты уточняют, конкретизируют признак (плотный, сумрачно). Они не образуют смысловой центр высказывания, а вводят некоторый дополнительный смысл. 

Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно точно знать, о каком проекте идет речь. Например, если это название микрорайона, то кавычки не нужны (Город Непохожих); если название организации, то нужно написать без кавычек и второе слово со строчной буквы: «Город непохожих».