При оформлении библиографии и библиографических ссылок по ГОСТам нужно учитывать, что в библиографической записи пунктуация имеет две функции — обычных знаков препинания и так называемых знаков предписанной пунктуации. Последние служат для распознания отдельных областей библиографических описаний при традиционной и автоматической обработке данных.

В качестве знаков предписанной пунктуации используются обычные знаки препинания и математические знаки (двоеточие, косая черта, сочетание точки и тире, знак равенства и др.). До и после предписанного знака ставят пробелы, это позволяет отличать его от пунктуационного знака. Правда, из этого правила есть исключение: пробелы не ставят перед точкой и запятой. Приведем пример библиографической записи со знаками предписанной пунктуации:

Орфографический словарь русского языка : 110 000 слов / Акад. наук СССР, Ин-т языкознания ; [под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро]. – 2-е изд., стер. – Москва : ГИС, 1957. – 1260 с.

Почему в библиографической записи тире иногда заменяют на дефис? Полагаем, что причины могут быть разные: технические ограничения на использование тире, незнание того, что тире и дефис — разные знаки не только графически, но и функционально, и др.

Предписанный знак точку и тире, разделяющий области библиографического описания, допускается заменять точкой в библиографических ссылках, например:

Орфографический словарь русского языка / под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро. 2-е изд., стер. М. : ГИС, 1957. С. 3. 

Фамилию в заголовке библиографической записи рекомендуется отделять от имени (имен), имени и отчества, инициалов запятой. Библиографы иногда объясняют необходимость запятой тем, что она помогает в иностранных именах однозначно показать, где заканчивается фамилия и начинается имя, например: 

Ожегов, С. И. Толковый словарь русского языка. 4-е изд., доп. М., 1997.

Рубенс, Питер Пауль. Питер Пауль Рубенс в собрании Эрмитажа [Текст]. – Ленинград : Аврора, 1970. – 5 с.

При затруднении определения границ фамилии и имени допускается запятой их не разделять (Пон Чжун Хо).

Запятая после фамилии — недавнее новшество, она не является обязательной, как пунктуационный знак не нужна, поэтому довольно часто наши издатели и авторы такую запятую игнорируют.

Подробнее об оформлении библиографических записей читайте в ГОСТах, их перечень можно посмотреть в разделе «Официальные документы». Также заметим, что в Российской государственной библиотеке (возможно, и в других крупных библиотеках) периодически читают лекции, посвященные оформлению библиографии и библиографических ссылок. 

В подобных случаях название города обычно играет роль подлежащего, а сочетание, указывающее на статус города, является приложением. По умолчанию между ними не требуется знак препинания: Столица России Москва вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья. Если автор полагает, что адресату неизвестен статус Москвы, то приложение столица России приобретает поясняющий оттенок, и тогда нужно руководствоваться пунктом 3 примечания к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя и поставить одиночное тире: Столица России — Москва вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья. Если же условия контекста таковы, что статус города важнее, чем его название, то это название является поясняющим приложением: Столица России, Москва, вошла в пятёрку самых дорогих городов мира по цене элитного жилья.

3D – это сокращение от three-dimensional (трехмерный). Кириллицей его обычно не пишут. В указанных случаях сокращение выступает в роли первой части сложного слова и пишется через дефис: 3D-книга, 3D-формат, 3D-эффект.

Наречие изолированно пишется с двумя буквами н. Верно: В имитационные талоны изолированно или в различных сочетаниях целесообразно включать закрытые травмы и ранения различных анатомических областей.

В этом случае между частями действительно нет отношений противопоставления, речь идет скорее о взаимодействии двух фактов. Попробуем дать рекомендацию с учетом синтаксических признаков приведенной конструкции: 1) части представляют собой не предложения, а словосочетания (популярность Георгия и популярность змееборства); 2) компоненты с одной стороны и с другой находятся после соединяемых ими словосочетаний.

Этим признакам соответствуют формулы из договоров, приводимые в справочниках как примеры употребления сочетания с одной стороны в роли члена предложения: ООО «Ромашка», именуемое в дальнейшем Заказчик, с одной стороны и Кузнецов Федор Федорович, именуемый в дальнейшем Исполнитель, с другой стороны заключили настоящий договор о нижеследующем. В таких формулах перед каждым из компонентов с одной стороны и с другой стороны закрывается причастный оборот, то есть запятая всё равно ставится, и это делает примеры непоказательными, однако компоненты характеризуются как члены предложения, которые не нужно обособлять. Полагаем, это же имеет место и в нашем случае: Популярность Георгия с одной стороны и популярность змееборства с другой заставляют слиться образ Георгия со змееборством, и церковь принуждена признать совершившееся слияние и канонизовать его.

В практике подобных примеров действительно много, причем пунктуация при компонентах с одной стороны и с другой, находящихся после соединяемых ими словосочетаний, может быть связана с тем, повествуется ли в предложении о взаимодействии фактов, или в нем представлены рассуждения автора. Сравним два примера из текстов, опубликованных в одном и том же журнале с разницей в один год: 1) Взаимодействие между множеством «X» природоохранных мероприятий и восстановлением среды с одной стороны и множеством «Y» — добычей полезного ископаемого с другой происходит за счет извлечения полезного ископаемого из недр, в результате чего истощаются запасы полезных ископаемых и возрастает объем выполнения комплекса природоохранных мероприятий вследствие его пропорциональности объемам горных работ [Автоматизированная компьютерная система сопряженного геоэкологического мониторинга // «Геоинформатика», 2002]; 2) Приведенные постулаты, с одной стороны, и обширный геохимический материал по рассеянию, изоморфизму и парагенезису химических элементов (приведенный далее), с другой, позволили автору предположить, что существует симметричное деление атомных ядер, которое предлагается назвать ядерной диссоциацией (холодным распадом) [Ядерная диссоциация химических элементов в геохимической истории развития Земли // «Геоинформатика», 2003].

Двоеточие не требуется.

Вы правы, такое написание противоречит правилам. Слово русский в этом названии следует писать с маленькой буквы.

Если нужно передать значение 'содержащий элементы фантастики и эротики', то корректно дефисное написание: фантастически-эротический. Но если это сочетание наречия с прилагательным, нужно писать раздельно: фантастически эротический (= невероятно, чрезвычайно эротический).