Правильно: российский флот (неофициальное название), но: Военно-Морской Флот РФ (официальное наименование).

Правильно: озеро Горных Духов (если таково действительное, «официальное» наименование озера, а не его образное название).

Кавычки будут уместны.

Верно написание строчными буквами: государственное образовательное учреждение.

Это вопрос не лингвистический, а технический, связанный с правилами набора и верстки текста. Поэтому в качестве ответа приведем мнение известного веб-дизайнера А. Лебедева: «Как бы соблазнительно ни выглядел доллар слева от суммы, писать его в русских текстах можно только справа. (Исключение могут составлять финансовые и биржевые тексты, но это отраслевой стандарт, который не может распространяться на остальные области.)»

В данном контексте написание должности со строчной буквы вполне корректно.

Верно: Беловежская Пуща. Противоречия с правилами нет, т. к. мы не можем сказать, что слово пуща употребляется только как родовое наименование, не передавая дополнительных смыслов: все же Беловежская Пуща – это не просто название некоего леса (основное значение слова пуща – обширный густой лес), а наименование природного заповедника, территории, обладающей особым историческим и культурным статусом.

Отметим, что орфографические словари предназначены именно для того, чтобы фиксировать частные орфографические случаи (в отличие от свода правил правописания, описывающего общие закономерности письма), регламентировать написание конкретных слов и словосочетаний. Фиксация в орфографическом словаре означает, что данное написание является нормативным и в дальнейшем обращении к правилам правописания уже нет необходимости.

Не следует смешивать географические названия «официальные» и образные. Правило, которое Вы приводите, касается собственно географических названий: пик Пионеров – это не образное, переносное название горы, а ее действительное, реальное наименование (так она и будет обозначаться на географических картах, в отличие от города Иваново, который, понятно, ни на одной карте не будет обозначен как город невест). Поэтому аналогии между пиком Пионеров и Городом невест быть не может; применительно к образным названиям стран, городов действует другое правило: в таких названиях с прописной буквы пишется первое слово.

В официальных документах употреблять слово Голландия не следует, поскольку официальное название страны – Королевство Нидерландов (полное наименование), Нидерланды (краткое наименование). Однако при неофициальном употреблении в устной и письменной речи использовать вариант Голландия для обозначения всей страны не возбраняется; такое употребление не является нарушением литературной нормы.

Оборот "сообщил сайту" корректен, это метонимия. А вот "сообщил V1" - грамматически некорректно, поскольку V1 - несклоняемое наименование (непонятно, кто кому сообщил).