Это сложившаяся практика - писать слова Государственная Дума с прописных букв. К сожалению, эта практика противоречит логике русского письма.

Так можно писать и говорить. Сочетание чистая душа зафиксировано в словарях русского языка, оборот с чистой душой употребляли М. А. Булгаков, Ф. В. Гладков, Л. М. Леонов, В. Г. Распутин, Б. Л. Васильев и другие писатели. Например: Тяжелая, недобрая ночь ― в такую ночь маются и с чистой душой, а у нее, у Настены, истерзанная, беспутная душа надорвалась и только ноет, ноет, жалуясь и плача без капли надежды. В. Распутин, Живи и помни. Они за работу-то с молитвой принимались, с чистой душой. Ф. Гладков, Повесть о детстве.

Аналогию между Госдумой и Российской Федерацией проводить не следует, поскольку написание названий государств и написание названий органов власти регулируются разными орфографическими правилами. В названиях государств с прописной буквы пишутся все слова (кроме служебных); в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума (но Совет Федерации, здесь Федерация – имя собственное, т. к. выступает вместо сочетания Российская Федерация). Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Государственная Дума и Федеральное Собрание.

Сокращения Госдума и Совфед могут быть использованы при неофициальном употреблении, например в прессе, в обиходной речи, но, разумеется, недопустимы в официальных текстах.

Проблема состоит в том, что разные ученые (в том числе и составители словарей) по-разному оценивают степень устойчивости тех или иных сочетаний, поэтому могут либо причислять, либо не причислять их к фразеологизмам. Например, в двухтомном "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова, который понимает фразеологию максимально широко, зафиксированы фразеологизмы иметь за душой (за душой ничего — это, в сущности, его вариант), душа в пятки ушла, радостно на душе. Сочетание с дорогой душой в этом длинном списке не числится, однако в нем есть со всей душой, с открытой душой, с чистой душой, так что отсутствие фразеологизма с дорогой душой можно счесть досадным упущением. Поэтому приходится констатировать, что задание некорректно, так как все приведенные в нем сочетания со словом душа можно считать фразеологически связанными. 

Согласны, вчера и накануне - лишь контекстные синонимы. Т. е. накануне можно употребить в значении "вчера" только в контексте "накануне сегодняшнего дня".

Объяснить можно по-разному, в зависимости от уровня знаний и интереса пятиклассника. Можно ограничиться следующим: у этих глаголов буквенная основа неопределенной формы и буквенные основы форм настоящего времени совпадают. Ср.:

Прыга/ть, прыга/л, прыга/ю, прыга/ет и т. д. – формы одного слова, поэтому у них одна основа.

Та же закономерность во многих (но не во всех) словах, заканчивающихся в неопределенной форме на ать: чита/ть – чита/ю, дума/ть – дума/ю, полыха/ть – полыха/ю. Но ср.: писа/ть – пиш/у, балова/ть – балу/ю.

Если же ребенок неплохо знает фонетику, то можно понаблюдать за звуковыми различиями основы.

В формах настоящего времени гласный сохраняется, он такой же, как в неопределенной форме. Это либо ударный [а] (чит[а]ть – чит[а]ет), либо безударный редуцированный [ъ] (прыг[ъ]ть – прыг[ъ]ет). Но есть интересное отличие: в настоящем времени добавляется согласный [j]. Прислушайся:

прыга[j]ют

прыга[j]ет

прыга[j]ешь

Получается, что основа неопределенной формы, заканчивающаяся на а, соотносится с основой настоящего времени, заканчивающейся на аj. Т. е. у глаголов не одна, две основы. Ср.: читать, читал, но читают, читает. А иногда и три! Основы глаголов по-разному соотносятся друг с другом. Но не бывает такого, чтобы основа неопределенной формы заканчивалась на а, а настоящего времени – на у.

Да, конечно, зафиксировано.

ОНЁРЫ (фр.). В карточной игре: определенные карты, которые при расчете засчитываются особо. Словарь иностранных слов, вошедших в состав русского языка.- Чудинов А.Н., 1910.

ОНЕРЫ в карточной игре старине козыри от туза в последовательном порядке по старшинству. Полный словарь иностранных слов, вошедших в употребление в русском языке.- Попов М., 1907.

ОНЁР а, м. honneur sing., honneurs pl. 1. Честь; почести, знаки внимания, уважения. Окажите нам faveur. Будем ли иметь honneur В вашем доме faire musique? Tout à vous. N. Кукольник. Шуточное послание Н. Кукольника И. Мятлеву. // РА 1891 2 500. Письмо Ваше .. я получил уже здесь - так как с неделю тому назад вернулся из Оксфорда, где получил всяческие онёры. 1879. Тург. - М. М. Стасюлевичу. // ПСС 30-13 (12) 2) 96. - А вы бывший студент? - со всей характеристической улыбочкой осведомился Пирожков. - Какой вопрос! - обиделся Леденщиков и оглядел Пирожкова. - Знаете что, - сказал ему Палтусов, - вы уж ваши онеры на нынче оставьте. Бобор. Китай-город 231. ♦ Делать honneurs. < faire les honneurs. Принимать гостей. Вечером было музыкальное собрание у Саши. Мария <жена Александра II > нездорова и не выходила, и жинка должна была делать les honneurs. 4. 3. 1861. Константин Дн. 309.2. В некоторых карточных играх - козырная старшая карта, от десятки до туза. БАС-1. Онерами называют в козырной масти пять старших карт: туз, король, дама, валет, десятка. Шевляковский 1890. Клянусь вам, Милостивая Государыня, всеми четырьмя вистовыми онерами, что состояние мое на сем свете хуже самой последней двойки. 1791. Переп. моды. // Покровский Щеголи Прил. 132. У Косолапова была игра посредственная, а у него неслыханная: туз, король, дама, валет, десятка (пять онеров), восьмерка, семерка козырей, туз, король червей, а остальное всё старшие пиковки. Панаев Актеон. // П. 1987 300. - На плаху, слышите! - на плаху пойду, если вы докажите, что у вас было четыре онера! .. У меня была дама и десятка. 1884. Василевский Наши нравы 11. Иметь на руках три онера. Онерами в империале называются карты, стоящие по 4 поэна. Орбакас 2003 141. ♦ Все (свои) онеры. шутл. Все (свои) преимущества, выгодные стороны; всё, что присуще кому-, чему-л. БАС-1. - А эта дамочка-с, видно, все свои онеры вам показала..? - с улыбкой бросил адмирал. Станюкович Смотр. ♦ ирон. Нежданно-негаданно нагрянула подагра - да такая, какой отроду не бывало: разом в обеих ногах, в обоих коленях... просто все онеры. 16. 5. 1874. Тург. - Я. П. Полонскому. ♦ Со всеми онёрами. шутл., Со всем, что необходимо, что полагается ничего не исключая. [Снафидина :] Какой это пикник? [Барбарисов:] Веселый, со всеми онёрами, с дамами. А. Островский Не от мира сего. // РР 1994 6 102. Правда, я давно любила Долинского, я любила в нем мягкого и честного человека, ну, пожалуй, даже любила его так-таки, по всем правилам, со всеми онерами. Лесков Обойденные. // 12-3 214. Хватит <денег> даже и на пожизненное содержание какого-нибудь голого попа, с шампанским и прочими онерами. Дело 1886 2 1 233. Старички еще потребовали для себя свой собственный классический кадриль, составили его сами и протанцевали не спеша, со всеми онёрами, ригодонами, pas de пижонами, pas de басками и антрша. 1894. Каменская Восп. 219. Маятник предпочтений качается от возврата к абсолютной монархии до Гитлера и сталинских пятилеток со всеми онерами средневековой окраски. ЛГ 3. 12. 1997. Его дело констатировать <смерть> , и он и законстатировал старикашку со всеми полагающимися анюрами <так>. М. Дайнека Пасынки Гиппократа. // Нева 1998 7 88. Пишу тебе на машинке "Колибри".. Маленькая, портативная, но со всеми онерами XX века. 27. 3. 1959. В. Я. Венгеров - М. А. Швейцеру. // Киносценарии 2000 4 182. - Лекс. Толль 1864: онеры; Уш. 1938: онёры.
Исторический словарь галлицизмов русского языка. Епишкин Н. И.. 2010.

Есть словарная фиксация: «Невский пятачок». Именно такой вариант предлагает справочник Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?», подчеркивая, что речь идет о мемориале. Представляется, что, если имеется в виду не мемориал, а район боевых действий, кавычки можно снять (аналогия с Курской дугой верная).