Предпочтительно: Но несмотря на то, что человек не был центром мира, древнегреческие философы все же признавали, что он обладает уникальностью. Сравним примеры из параграфа 34.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, формально схожие с Вашим: Но мало того, что не было никогда такой неприязни, василёк с древних времён участвовал во многих красивых обрядах и празднествах (Сол.); Но прежде, чем говорить о личности офицера и его разговоре, необходимо попристальнее взглянуть на внутренность его балагана и знать хоть немного его образ жизни и занятия (Л.Т.).

Для интерпретации этого предложения было бы желательно знать контекст. Без него предложение допускает двоякое чтение: то ли нет ЧЕГО-ТО вчера и завтра, то ли нет самих этих дней — вчерашнего и завтрашнего. Второе чтение представляется более вероятным.

В обоих случаях, однако, перед нами безличное предложение, в котором нет ни подлежащего, ни сказуемого, есть лишь главный член, и он выражен словом НЕТ, которое здесь представляет собой отрицательную форму настоящего времени глагола БЫТЬ (то есть здесь НЕТ = Не существует).

Предложение вполне можно считать сложносочиненным, поэтому запятая поставлена верно.

В этом предложении возможны варианты пунктуации. Чтобы сделать выбор, необходимо знать следующее.

Обстоятельство, выраженное существительным, обособляется в том случае, если необходимо подчеркнуть его особую смысловую нагрузку. Чаще всего это связано с приданием обстоятельству дополнительных оттенков значения. Д. Э. Розенталь иллюстрирует это правило таким примером: Петя, после полученного им решительного отказа, ушёл в свою комнату и там, запершись от всех, горько плакал (Л.Т.) – совмещены два значения обособленного оборота –временное и причинное (ушел и горько плакал не только после того, как получил отказ, но и потому, что получил его). 

Чтобы определить, необходимо ли обособлять сочетание или абиссинский колодец, надо знать: абиссинский колодец и скважина на песок – это разные названия для одного типа колодцев или это разные колодцы?

Запятая перед союзом или не нужна, если он соединяет однородные члены предложения. В этом случае союз или можно сделать повторяющимся: приготовьте фломастеры или цветные ручки, ср. приготовьте или фломастеры, или цветные ручки.

Оборот с или требует обособления, если он имеет пояснительный характер. Пояснительные члены предложения равнозначны поясняемым, но называют их по-другому. В этом случае союз или можно заменить на то есть. Например: Это Александр Тимофеевич, или попросту Саша, сидел на диване.

Это сочетание именно с таким порядком слов не кодифицировано в нормативных источниках. Для ответа на вопрос о прописной/строчной важно знать, в каком значении и контексте используется данное сочетание (это имя сказочного персонажа или просто обозначение уродливой злой старухи) и, если это имя персонажа, с какой целью разрушается традиционный порядок слов в нем.

В словаре В. И. Даля зафиксировано: «ЯГА или яга-баба, баба-яга, ягая и ягавая или ягишна и ягинична, род ведьмы, злой дух, под личиною безобразной старухи». В данном контексте яга-баба пишется строчными как имя нарицательное. Но словарь Даля не является нормативным справочником по современному русскому языку.

Тире здесь, судя по всему, говорит о том, что однородный ряд (перечисление) имеет значение попутного замечания. Сравним примеры из параграфа 36 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Он вывесил на стенку свою драгоценную коллекцию – ножи, сабли, шашку, кортик (Щерб.); К полудню над тусклой водой началось далекое нагромождение Баку – серых гор, серого неба, серых домов, покрытых заплатками яркого, но тоже серого солнечного цвета (Пауст.); Я имел случай и счастье знать многих старших поэтов, живших в Москве , – Брюсова, Андрея Белого, Ходасевича, Вячеслава Иванова, Балтрушайтиса (Б. Паст.).