По правилу разговорные названия машин с уменьшительно-ласкательными суффиксами пишутся без кавычек, например: москвичок, жигулёнок, фордик, уазик. Но в данном случае кавычки могут быть уместны, чтобы подчеркнуть, что речь идет не о собаке. В письменной практике встречаются оба варианта: милицейский бобик и милицейский «бобик». Представляется, что оба они корректны, а окончательное решение вправе принять автор текста.
См. ГОСТ Р 6.30-2003: «Если письмо имеет приложение, не названное в тексте, то указывают его наименование, число листов и число экземпляров; при наличии нескольких приложений их нумеруют, например: Приложение: 1. Положение об Управлении регионального кредитования на 5 л. в 1 экз. 2. Правила подготовки и оформления документов Управления регионального кредитования на 7 л. в 2 экз.».
Форма самоё — это форма винительного падежа единственного числа от местоимения сама. Старое самоё — это современное саму, что в данном случае явно не подходит. В тексте же представлена форма местоимения самый в устаревшем ныне употреблении, близком употреблению современного сам. Ср. в той же книге: …да и самый факт возможного убийства Чумаковой ничем не подтверждался…
Спорить по поводу орфографической нормы бессмысленно — ее нужно просто знать. Современные нормативные словари, в том числе и Орфографический словарь русского языка как государственного языка Российской Федерации, фиксируют только написание оперативно-разыскной. В тексте диссертации следует соблюдать орфографические нормы, однако вполне уместно будет примечание типа «в оригинале документа используется иное написание: закон „Об оперативно-розыскной деятельности“».
Надпись представлена как подлинное выражение, включённое в текст, поэтому её точно нужно заключить в кавычки. Другой вопрос, требуется ли перед ней двоеточие. В примечании к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя приводятся, с одной стороны, примеры типа Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана, с другой — примеры типа Мимо станции проносились скорые поезда с табличками на вагонах: «Москва — Владивосток». Там же отмечено, что двоеточие ставится, если перед подлинным выражением имеются слова предложение, выражение, надпись и т. п. Но, судя по всему, дело в другом: в примерах с двоеточием подлинное выражение, включённое в текст, завершает собой предложение, в примерах без двоеточия — находится в середине предложения. Таким образом, корректно будет такое оформление: На столе стояла кружка с надписью: «Маме», но Кружку с надписью «Маме» кто-то убрал со стола.
Ввиду того что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но чаще расчленяется (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «что»). Окончательное решение принимает автор текста, поэтому даже в однотипных предложениях, написанных разными людьми, пунктуация может различаться. О некоторых факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в «Справочнике по пунктуации».
В русском языке сложилась традиция заключать в подобных случаях географическое название в скобки или использовать прилагательное, ср.: «Локомотив» (Москва) или московский «Локомотив». Корректно: игрок «Боруссии» (Дортмунд) или игрок дортмундской «Боруссии». Что касается кавычек: они уместны в тексте, но не в таблицах, схемах и т. п. (где перечисляется много команд и где кавычки будут мешать восприятию). В турнирной таблице можно использовать обозначение Боруссия Д
Такие названия предпочтительно заключать в кавычки. В наименовании, построенном по модели «слово, написанное кириллицей, + слово, написанное латиницей» (слагаемые могут располагаться в любом порядке), оформленное кириллицей слово необходимо, с одной стороны, отделить от остального кириллического текста и, с другой стороны, объединить со словом, написанным латиницей, для того чтобы читатель понял, что перед ним цельное наименование. Обе эти функции как раз и выполняют кавычки.
Со строчной буквы пишется слово после многоточия, например, в цитатах: после открывающих кавычек для указания, что цитата приводится не с начала предложения; в середине цитаты, когда пропущена часть текста внутри ее. А также в предложениях, где многоточие ставится для обозначения незаконченности высказывания, для указания на перерывы речи, неожиданный переход от одной мысли к другой: Вот я... выздоровлю, я... вас... вынесу! (Горький).
Такое оформление характерно именно для энциклопедических статей: заголовочное слово (в роли которого выступает в данном случае фамилия) отделяется запятой от всего последующего текста. Правда, чаще в биографических статьях запятая ставится не после фамилии, а после указания фамилии, имени, отчества человека и дат рождения и смерти, например: ЛЕРМОНТОВ Михаил Юрьевич (1814-1841), русский поэт. Но и приведенный Вами вариант (с запятой после фамилии) тоже возможен.