Вторая запятая в том и в другом случае нужна, она закрывает уточняющий оборот. Тире в этих предложениях — они являются эллиптическими— поставлено на месте пропущенного сказуемого.

Нет, в этом предложении нарушено правило согласования деепричастного оборота. Действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения, например: Подведя итоги прений, председатель собрания отметил общность взглядов докладчика и участников совещания. Если же производитель действия, обозначенного глаголом-сказуемым, и производитель действия, обозначенного деепричастием, не совпадают, употребление деепричастного оборота стилистически ошибочно, например: «Переходя через рельсы, стрелочника оглушил неожиданный свисток паровоза» (переходя относится к стрелочнику, а оглушил — к свистку).

Слова в контексте «сибирской памяти» не являются уточнением, запятая перед или не нужна. Не вполне ясно, к чему относятся слова как его назвали. Возможно, их следует опустить или перенести в другую часть предложения. Повторять предлог в не нужно. Слово шире выступает в роли вводного и обособляется.

Корректно: Этот общий культурный феномен российской истории ярко проявляется в региональном контексте уральских городов или, шире, контексте «сибирской памяти».

Нет оснований для обособления слов или даже третье: Основное население городов из первого поколения мигрантов превратилось уже во второе или даже третье поколение «коренных» жителей. 

Сочетание как никто другой обособляется.

Между шесть и пять лучше поставить точку с запятой, в конце нужна точка. В остальном знаки препинания расставлены корректно.

Правильно: жители ЗАТО г. Вилючинска.

Склонение таких названий правильно. См. подробно в «Письмовнике».

1. Запятая не требуется. Сочетание составили протест не вполне корректно. Возможный вариант: Пять князей и 14 городов — сторонников лютеранства выступили с протестом. 2. Предпочтительно: не допустить роста цен.

Лучше: по г. Нальчику, г. Нальчика.