Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть.

Оба варианта корректны, но в приведенном контексте предпочтительно множественное число сказуемого, подчеркивающее раздельность предметов: ...понять, как работают тело и сознание.

В русском языке форма родительного падежа в функции обращения не используется. Сочетание друзей закадычных играет роль поясняющего приложения при местоимении вас. 

Корректно: Но нужно помнить: нарушение точности приводит к тому, что мысль искажается.

Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

Правило формальное: при наличии зависимых слов пишем две буквы Н, без зависимых слов - одну: долго ношеННое пальто, ношеное пальто.

Подробно об этом читайте в "Справочнике по пунктуации". Корректная пунктуация: Я сидел дома не потому, что я болен, а потому, что я устал. Обратите внимание, что в этом предложении трижды повторяется слово я. Рекомендуем избегать таких повторов.

Форма творительного падежа мн. числа существительного троп (фигура речи) – тропами. Если же говорить о форме творительного падежа мн. числа существительного тропа (тропинка), то здесь возможны варианты. Предпочтительно тропами, но пока еще допустим и устаревающий вариант тропами.