Признаться, мы не видим особенного смысла в подобной лингвистической софистике. Вполне возможно, что для наименования «организации, занимающейся сбором, хранением и обработкой персональных данных пользователей» появится третий термин.

Да, самое простое и наиболее общепринятое решение действительно состоит в том, что местоимение Это признаётся подлежащим.

Аргумент против этого решения состоит в том, что одно из обязательных свойств подлежащего — контроль согласовательной формы сказуемого. Местоимение это среднего рода, поэтому, если оно подлежащее, глагол-связка должен также принять форму среднего рода: *Это было такой ночью... Однако мы так не говорим и не пишем, если хотим выразить тот смысл, который подразумевается в исходном предложении.

Возможный выход из этого затруднения: мы можем постулировать, что предложения с местоимением это в И. п. и еще одним существительным в И. п. представляют собой особую разновидность двусоставных предложений именного строя, в которой (из-за использования слова это) требование контроля согласовательной формы сказуемого снимается. Таким образом мы отклоним указанный аргумент. Однако остается неясным, на основании чего делается утверждение о снятии в таких предложениях требования контроля согласовательной формы сказуемого.

Если же все-таки принять названный аргумент во внимание, то возникают новые проблемы. Пусть это не является подлежащим. Тогда роль подлежащего придется отдать существительному ночь? Да, можно решить, что подлежащее ночь, сказуемое была такая. Тогда с признаком контроля согласовательной формы сказуемого всё в порядке, грамматическая основа сомнений не вызывает, но какова синтаксическая роль слова это? Признавать его местоимением в И. п. равносильно тому, чтобы уничтожить наше базовое представление о том, что в одном простом предложении при одном сказуемом не может быть двух разных (не однородных) подлежащих. Признавать его частицей — сомнительное решение, потому что это слово не вносит в предложение никаких оттенков (что частица как раз должна делать) и явным образом указывает на ситуацию в самом общем виде; указание как замена обозначения — это функция местоимения, а не частицы. Похоже на тупик.

Предлагалось такое решение: слово это является указанием на ситуацию в целом, грамматически оно не является членом предложения (так как место подлежащего занято) и представляет собой компонент не предложения, а высказывания, в состав которого входит предложение Ночь была такая... Такой компонент иногда называют топиком. Общую структуру высказывания можно в таком случае представить так:

{Это} {была такая ночь}.

В первых фигурных скобках — топик, во вторых — комментарий (это американский вариант терминологии теории актуального членения высказывания).

Нам более всего импонирует именно это решение (собственно, мы и предлагали его более 20 лет назад), но его существенный недостаток заключается в том, что оно опирается на ряд понятий, которые в школьном курсе русского языка отсутствуют.

Выбирайте то, что вам кажется более предпочтительным...

Глаголы управлять, руководить, администрировать не имеют видовых пар совершенного вида, которые могли бы употребляться в рамках литературной нормы. Единственный выход — использование тех самых «громоздких формулировок», о которых Вы пишете.

Ваша пунктуация верна.
 

Запятая факультативна. В примерах из современной литературы она чаще не ставится.

"Официально" падежей шесть. Но, поскольку существуют разные критерии выделения падежей (от смысловых до формальных), то и падежей может быть выделено больше или менше (как, например, и частей речи). Существующее в русской школьной и академической традиции "шестипадежие" русского языка, конечно же, очень условно, но именно оно является сегодня общезначимым для лингвистической науки и наиболее эффективно описывает систему русского именного словоизменения для носителей языка. Как лучше описать эту систему иностранцам - другой вопрос, и его решение сильно зависит от грамматического строя иностранного языка, на котором производится описание.

Иными словами, вопрос не в том, "сколько на самом деле падежей", а в том, как нам удобнее описывать грамматический строй языка, сообразуясь с нашими потребностями.

Следует обратиться за разъяснениями к составителям документа.