Увы, такие написания нельзя объяснить ничем, кроме незнания норм правописания. Очевидно, пишущие не понимают, что с грамматической точки зрения цифра в данном случае является приложением.

1. Запятая нужна: Он, не отступая, понемногу, капля по капле, добивался воплощения в реальность своих идей. Капля по капле — устойчивое выражение. 

2. Корректно: Масштабность в делах и мыслях, знания и практический опыт позволили ему грамотно, на научной основе руководить сложными проектами.

Это действительно аналогичная ситуация. Согласно правилам координации, всё зависит от того, является  приложение и (или) определяемое словом или словосочетанием: страны-участницы, в компании-партнере, но страны — участницы БРИКС, в компании — партнере «Транснефти».

Согласно ответу 223580 следует писать бензогенератор и дизель-генератор (вариант: бензо- и дизель-генератор), но не *бензодизель-генератор. Согласно ответу 263302 следует писать бензо-, электроинструменты (если речь о разных инструментах) и бензоэлектроинструменты (если речь об инструменте, который работает на бензине и электричестве). Разница не в том, что в одном случае речь идет о генераторах, а в другом об инструментах, а в типе соотношения основ сложного слова. 

При наличии родового слова вкус такие названия нужно заключать в кавычки и писать со строчной буквы: вкус «амаретто», вкус «апероль», вкус «банан», вкус «вишня», вкус «джин-тоник», вкус «дюшес», вкус «клубника», вкус «мохито», вкус «персик и манго», вкус «пинаколада», вкус «солёная карамель».

Кстати, лингвист И. Б. Левонтина посвятила подобным конструкциям отдельную главу своей книги "Русский со словарем": "Некоторое время назад в магазинах появилась серия продуктов с удивительными названиями: зефир и пастила «со вкусом йогурт», «с ароматом ваниль», «с ароматом клубника со сливками». <...> Ничто, кажется, не мешало написать «со вкусом йогурта», «с ароматом клубники» или, там, «с ванильным ароматом». Своим недоумением я поделилась со знакомыми рекламщиками, но они покачали головами: «Нет, это специально. Брендинг!» Что ж, как говорится, это многое объясняет.

Да я, в общем, и сама догадывалась, что так исковеркать русский язык можно только нарочно. Если оставить в стороне пуристические установки, логика авторов вполне понятна. Во-первых, выражения «со вкусом йогурта» и «со вкусом йогурт» не вполне тождественны по смыслу. «Со вкусом йогурта» — это, так сказать, импрессионистическое описание. А «со вкусом йогурт» — скорее номенклатурное: ну, то есть, у данной пастилы особый, определенный и всегда одинаковый вкус, который мы условно обозначили как «йогурт». Между прочим, про машины еще в глубоко советское время говорили «цвет баклажан», «цвет мокрый асфальт». Это снимало вопрос о том, какие бывают баклажаны и похожего ли они цвета. Название такое. А вот теперь эта конструкция стремительно распространяется. Живи Чичиков в наши дни, он говорил бы приказчику: «Любезный, а подай-ка мне сукнецо брусника с искрой».

Во-вторых, авторы не рассчитывают на то, что покупатель в магазине будет читать этикетку внимательно. Его глаз, скользя по полкам с товарами, выхватывает отдельные слова. И тут лучше, чтобы ключевые слова были в начальной форме.

Мелкий шрифт, творительный падеж, предлог — это все годится только для проходного «со вкусом». А вот ключевое «йогурт» — крупно и в словарном виде. <...> 

Древние говаривали: «И Цезарь не выше грамматиков» (Nec Caesar supra grammaticos). Цезарь не выше. А брендинг?"

Конечно, контекст нужно учитывать. Честно говоря, мысль о "небритом папе-еже" приходила нам в голову при подготовке ответа на вопрос № 249385, но озвучивать ее мы не стали. 

См. ответ на вопрос № 255311.

Сочетание гендерно ориентированный зафиксировано в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно прочитать о подобных сочетаниях.