Это сочетание может употребляться с глаголом слушать как обстоятельство образа действия (=внимательно), и в этом случае оно не обособляется, например: Мальчишки деревенские появлялись в сумерках у костра с наворованной картошкой за пазухой и до ночи просиживали, слушали навострив уши, не хуже Степки, тем более что рассказы деда Васи чаще всего для ребят были самые неподходящие. [Федор Кнорре. Каменный венок (1973)] — здесь сочетание ведет себя подобно фразеологизмам (бежать) сломя голову или (работать) засучив рукава. Но в большинстве случаев сочетание употребляется в контекстах, где речь идет о животных, и сохраняет глагольное значение, например: Поросята, навострив уши, стали сбегаться к девочке, мальчишки, изловчившись, хватали их за ноги и водворяли обратно в корзины и ящики. [А. И. Мусатов. Зелёный шум (1963)]

В контекстах, где речь идет о людях, сочетание тоже может сохранять глагольное значение, называя некое внутреннее усилие; в этом случае оно часто бывает однородно с другим деепричастным оборотом, также обозначающим внутреннее состояние: Рынды князя, стражники на валах, вратари в бойницах замерли, навострив уши и ожидая, чего станут говорить князья. [Алексей Иванов. Сердце Пармы (2000)]; Оказавшись наконец у стены, он на секунду замер, навострив уши и прислушиваясь то ли к часовому на вышке, то ли к своему колотящемуся сердцу, а потом рванул что было сил туда, откуда доносился веселый гомон. [Андрей Геласимов. Степные боги (2008)].

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Присоединение суффиксов несовершенного вида -а- (-я-) / -вá- / -ыва- (-ива-) к основе глагола совершенного вида ведет к образованию глагола несовершенного вида. Присоединение названных суффиксов возможно как к бесприставочным глаголам (бросить → брос-а-ть, пленить → плен-я-ть), так и к приставочным глаголам (заболеть → заболе-ва-ть, пришить → приши-ва-ть, переписать → перепис-ыва-ть, обменять → обмен-ива-ть), в свою очередь образованным от бесприставочных глаголов несовершенного вида (болеть → заболеть, писать → переписать и т. п.).

Для глаголов с корнем -лов- и приставкой из- словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование глаголов совершенного и несовершенного вида, выглядит следующим образом: ловить → из-ловить → излавл-ива-ть. При образовании глагола излавливать от глагола изловить происходит усечение суффикса -и-, входящего в производящую основу, и чередование в // вл в корне.

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слов полюбовный и полюбовно: любить (непроизводное слово) → люб-овь (суффиксация) → любов-н-ый (суффиксация) → по-любовный (префиксация) → полюбовн-о (суффиксация).

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слова полегонечку: легкий (непроизводное слово) → лег-оньк-ий (суффиксация) → леконьк-о (суффиксация) → по-легоньк-у (префиксально-суффиксальный способ) → полегонеч-к-у (суффиксация).

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слова оттуда: туда → от-туда (префиксация).

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слова неминуемый: минуть (непроизводное слово) → не-мину-ем-ый (префиксально-суффиксальный способ).

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слова мускулатура: мускул (непроизводное слово) → мускул-атур-а (суффиксация).

Информация об образовании слов содержится в словообразовательных словарях.

Правила пунктуации говорят то же самое: запятой после слова которой здесь не должно быть. Вероятно, недосмотр корректора.

Органы управления образованием = органы, управляющие образованием. Органы управления образования = органы, входящие в состав такого органа, как управление образования.

Простите, но Ваш вопрос не вполне понятен. 

С языковой точки зрения оба варианта возможны, при этом первый кажется предпочительным. Вопрос о юридическом статусе проекта документа лучше адресовать правоведам.

Это именно амфибрахий. Ср.: Последняя туча рассеянной бури! Одна ты несёшься по ясной лазури...