Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.

Корректно: облигации в количестве пятисот пяти штук.

Название формы предприятия пишется с маленькой буквы: общество с ограниченной ответственностью, закрытое акционерное общество и т. д.

Рекомендации справочных пособий относительно склонения женских имен, оканчивающихся на согласный, разнятся. Так, в исследовании Л. П. Калакуцкой «Фамилии. Имена. Отчества. Написание и склонение» (М., 1994) указано, что женские личные имена, оканчивающиеся на согласный (твердый или мягкий, в том числе и на й), не склоняются. Изменяется по третьему склонению лишь женское имя Любовь, а также имена библейского происхождения Агарь, Рахиль, Руфь, Суламифь, Эсфирь, Юдифь; по типу склонения к ним примыкает и женское имя Рашель (хотя сценический псевдоним великой французской актрисы Рашель не склоняется в современном литературном языке). По традиции изменяется по третьему склонению и имя героини балета Адана «Жизель»: партия Жизели.

Из этой формулировки следует, что имена Рапунцель, Инадриэль, Анабель не изменяются по падежам, как и другие женские имена на согласный, не входящие в небольшой список склоняемых имен. 

Можно добавить, что в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка (М., 2008) практически все женские имена на -ль, такие как Марсель, Этель, Мишель, Сесиль, Люсиль, Ассоль, Эмманюэль, Габриэль и др., зафиксированы как несклоняемые (из склоняемых – только библейское имя Иезавель и та же Жизель; имена Адель, Нинель и Рашель даны как испытывающие колебания: склонение/несклонение).

Если союз ДА использован в значении соединительного союза И, то запятая не нужна.

С прописной буквы пишется первое (или единственное) слово усеченного названия, если оно употребляется вместо полного: начал проводить реформы в Обществе.

Кавычки не нужны: Русское географическое общество.

Верно: Общество с ограниченной ответственностью «Акционерный банк "Ресурс"» обратилось...