1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.
2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.
Группа неодинаковых согласных букв в середине слова, входящих в корень или образующих стык корня и суффикса, может быть разбита переносом любым образом, верны оба приведенных Вами варианта: по-жа-луй-ста и по-жа-луйс-та. Что касается места слогораздела на стыке согласных, здесь возможны разные решения, единых строгих правил слогоделения нет. По принятым в сонорной теории Р. И. Аванесова закономерностям на стыке звука [j] и любого согласного [j] отходит к предыдущему слогу, а согласный — к последующему, то есть в нашем случае предпочтителен вариант по-жа-луй-ста.
Ошибки нет. См. пахнуть
Большой универсальный словарь русского языка
ПА́ХНУТЬ
1.0.2. безл. О наличии какого-л. запаха. Син. <разить разг.>.
Где-л. (напр., в комнате, в саду, на кухне …) или от кого-чего-л. (напр., от мальчика, от платья …) пахнет духами (розами, мятой, рыбой, бензином, чесноком, луком, краской, потом, газом, гарью, горелым, палёным, дымом, лекарствами, сыростью, плесенью, псиной, мышами …). Где-л. или от кого-чего-л. [не]хорошо ([не]приятно, плохо, дурно, скверно, ужасно, отвратительно, сильно, резко, слабо, немного, чуть-чуть разг., сладко, вкусно …).
Корректно: Его сын учится в Институте физкультуры.
Верно написание строчными буквами, в кавычках: «голубые каски».
Запятая ставится.
Запятая не требуется, так как части сложносочиненного предложения имеют общее вводное слово похоже.