Дополнительные знаки препинания не требуются.
Запятая не нужна. См. также: 457">http://www.gramota.ru/spravka/punctum/58457
Вне зависимости от способа расположения элементов перечня правильно так: включают... (что?): диагностику, проверку...
По основному правилу тире не требуется.
Корректно: не выплачивать премию по итогам работы в июне 2017 года руководителям складов.
Пишется слитно: в случае незаключения.
Решение зависит от того, входят ли слова "в соответствии с обращением" в состав деепричастного оборота.
Возможны варианты. Обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются знаками препинания (запятыми). Но при тесной связи оборота со сказуемым (если смысл предложения: работы не просто продолжатся, а продолжатся именно вопреки трудностям) запятая не ставится.
Никакие знаки препинания (кроме точки в конце предложения) не нужны.
В значении "непрерывно" правильно: без перерывов.