Однако в данном случае — это союз в значении "но". И здесь не запятая отделяет слово однако, а парные запятые выделяют обособленное обстоятельство после столь долгой разлуки.

См. справочник /biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/znaki-prepinaniya-pri-obosoblennykh-obstoyatelstvakh

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Слова "не гордый" выступают в роли сказуемого, с этим связано раздельное написание.

Кавычки нужны, Вы написали верно.

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве» (= в качестве уполномоченного органа), что не требует знаков препинания.

Здесь лучше: ...для ответа на поставленные вопросы и заполнения...

Географические названия на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно) имеют в творительном падеже окончание -ом: Мышкин – Мышкином, Камышин – Камышином, Алексин – Алексином. В отличие от названий городов русские фамилии на -ин (-ын) и на -ов (-ев) имеют в творительном падеже единственного числа окончание -ым, ср.: Алексин (фамилия) – Алексиным и Алексин (город) – Алексином.

Да, нужно обособить определительный оборот, стоящий после определяемого слова. 

Правильно: в школе № 1 г. Беслана, о награждении Груздя Николая. Подробнее см. в «Письмовнике» и http://spravka.gramota.ru/surnames.html [работу Н. А. Еськовой].