Правильно: города Москвы. См. в «Письмовнике».

Правильно: на три километра южнее города и в трех километрах от города. 

Всё верно, ошибки нет.

В подобных случаях название института следует писать в кавычках и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт серпа и молота», директор Учреждения РАН «Институт серпа и молота».

Слово устав пишется с прописной буквы как первое слово полного официального названия документа: Устав города Волгограда. При неофициальном употреблении корректно написание строчными, например: В Волгограде прошли общественные слушания по внесению поправок в устав города.

Слово опята — форма множ. ч. им. пад. существительного опёнок, поэтому анализ состава слова надо начинать с этой формы. 

Существительное опёнок образовано от слова пень с помощью префикса о- и суффикса -ок, которые присоединяются к корню -пен- и передают значение 'нечто, прилегающее к тому, что названо производящим словом'. По той же словообразовательной модели образованы слова оголовок, огузок и некоторые другие; слов, образованных по этой модели, немного — словообразовательный тип является непродуктивным.

Все существительные муж. р. на -онок /-ёнок-, кроме слов бесёнок, чертёнок (множ. ч. бесенята, чертенята), образуют формы мн. ч. с усечением производящей основы при помощи суффикса  

-ат-/-ят-: гусёнок – гусята, волчонок – волчата, масленок – маслята, опёнок – опята (наряду с опёнки). Слово опёнок выделяется в этом ряду, так как, во-первых, образовано суффиксально-префиксальным способом (остальные — суффиксальным), а во-вторых, имеет суффикс -ок-, а не  -онок /-ёнок-. 

В форме опята выделяются префикс о-, корень -п-, суффикс -ят-, окончание -а.

Нормативное произношение: [што].

В русском языке существует правило, согласно которому существительные мужского рода в творительном падеже единственного числа получают окончание -ом, если основа слова заканчивается на твёрдый согласный звук. Слово хост заканчивается на твёрдый согласный т, поэтому в творительном падеже оно принимает форму хостом.