Правилами разрешается не ставить запятую в подобных случаях. Сравним формулировку в параграфе 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

«При двукратном повторении союза и (если число однородных членов – два) запятая ставится при наличии обобщающего слова при однородных членах предложения: Всё напоминало об осени: и желтые листья, и туманы по утрам; то же без обобщающего слова, но при наличии зависимых слов при однородных членах: Теперь уж можно было расслышать в отдельности и шум дождя, и шум воды (Булг.). Однако при отсутствии указанных условий при однородных членах предложения, образующих тесное смысловое единство, запятая может не ставиться: Кругом было и светло и зелено (Т.); И днем и ночью кот ученый все ходит по цепи кругом (П.)».

В обыденной речи слова навык и умение часто используются как синонимы. В профессиональной речи два термина могут употребляться для обозначения различающихся понятий. Безусловно, понятийные различия следует уточнять не у лингвистов, а у специалистов, оперирующих этими понятиями. Общеизвестно, что навык — это автоматизированное действие, которое сформировалось вследствие многократного повторения. Навыки обычно не требуют сознательного контроля, они приобретаются и закрепляются с помощью практики. Умение — это способность выполнять какую-либо задачу или деятельность, основанная на сознательном применении знаний и опыта. Умение связано с осознанной деятельностью и может включать в себя использование навыков. Из этого рассуждения можно сделать вывод о том, что умение — более широкое понятие, включающее совокупность знаний, опыта и навыков для выполнения задачи, тогда как навык — часть умения, которая выполняется автоматически.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Крайние пальцы стопы (I и V) называются так же, как аналогичные пальцы рук — большой и мизинец, а остальные три называют номерами II, III, IV, начиная счёт с большого пальца.

«Словарь русских народных говоров» фиксирует ударение впрОсырь.

Для постановки этой запятой нет оснований.

Дело в том, что среди словарей ударений есть особые издания, адресованные работникам эфира. В них в подавляющем большинстве случаев дается только один вариант (чтобы исключить ситуации, когда один диктор говорит твОрог, а другой следом - творОг), даже если в литературном языке допустимы два варианта ударения. Словари М. В. Зарвы (и Ф. Л. Агеенко) были ориентированы именно на работников эфира, поэтому в них почти всегда приводился только один вариант; такой способ подачи материала сохранился и в переизданиях словаря, увидевших свет после смерти автора (Майя Владимировна Зарва скончалась в 2003 году).

Словари, адресованные широкому кругу читателей (к ним относится и словарь И. Л. Резниченко), обычно стремятся к более полному описанию вариантов, существующих в языке. Неудивительно, что в этом издании дано и твОрог, и творОг: эти варианты в современном русском языке фактически равноправны.

1. Вы правы, корректно с запятой. Обратите внимание, учебный год принято писать через слеш: В новом, 2018/2019 учебном году.

2. В штате ИП Ивановой И.И. или привлеченных ею на ином законном основании педагогических работников...

3. К сожалению, требования ЕГЭ в отношении орфоэпических норм бывают более строги, чем предписания нормативных словарей. Вариант перчИть как неправильный фиксировался в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» 1959 г. «Словарь трудностей русского языка. Ударение. Грамматические формы» Н. А. Еськовой 2014 г. допускает два варианта: пЕрчить и перчИть. При этом первый отмечается как предпочтительный. В «Словаре ударений русского языка» И. Л. Резниченко 2015 г. пЕрчить и перчИть уже представлены как равноправные варианты. То же в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера 2016 г., однако в эфире этот словарь рекомендует отдавать предпочтение ударению на первом слоге.

Запятая не ставится. Правило звучит следующим образом.

Не ставится запятая в цельных фразеологизированных сочетаниях с повторяющимися союзами и... и, ни... ни (они соединяют слова с противопоставляемыми значениями): и день и ночь, и стар и млад, и смех и горе, и там и сям, и то и се, и туда и сюда, ни два ни полтора, ни дать ни взять, ни сват ни брат, ни взад ни вперед, ни дна ни покрышки, ни то ни се, ни стать ни сесть, ни жив ни мертв, ни да ни нет, ни слуху ни духу, ни себе ни людям, ни рыба ни мясо, ни так ни сяк, ни пава ни ворона, ни шатко ни валко, ни тот ни этот и др. То же при парных сочетаниях слов, когда третьего не дано: и муж и жена, и земля и небо.

Какое интересное предложение! Правильно так: Если у вас есть яблоко и у меня есть яблоко и если мы обмениваемся этими яблоками, то у вас и меня остаётся по одному яблоку, а если у вас есть идея и у меня есть идея и если мы обмениваемся идеями, то у каждого из нас будет по две идеи.

В этом предложении два структурно-смысловых блока, соединенных союзом а. Каждый блок начинается с трех однородных придаточных частей. Между однородными придаточными знаки препинания ставятся так же, как при однородных членах предложения. Две первые части тесно связаны по смыслу, третья присоединяется к ним, поэтому между придаточными запятые не нужны. Ср.: Жить да поживать да добра наживать. 

Между союзами а и если (6) запятая не нужна, так как в главном предложении есть вторая часть союза если... то.