Да, оба знака необходимы.
В этом предложении нужна частица НИ.
Пунктуация в предложении верна.
В подобных конструкциях слова что за употребляются в значении частицы.
Эти слова являются союзными словами, то есть относительными местоимениями, служащими для связи главной и придаточной части в сложноподчиненном предложении. Слово что может быть и союзом, а слово кто в подобных случаях всегда является союзным словом.
В первом случае все равно что - сравнительный подчинительный союз, между его частями не ставится запятая; сравнение является частью грамматической основы простого предложения (сказуемым).
Во втором случае есть союз что, который соединяет части сложноподчиненного предложения, поэтому ставится запятая.
К сожалению, Ваша точка зрения не соответствует рекомендациям словарей.
Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.
Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).
Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.
При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.
Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).
Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.
Скорее всего, Вы правы: в словарях неточность. Для ответа на Ваш вопрос нам нужно проконсультироваться с редакторами Орфографического словаря.