Запятая после мотору не требуется.
На наш взгляд, вполне достаточно: за особые успехи в изучении биологии. Слова учебный предмет лишние.
Слово управление пишется с прописной буквы, если употребляется как первое слово в официальном названии, например: Управление делами Президента Российской Федерации, Управление международного сотрудничества Российской академии наук.
Корректно: особый отдел краснознаменного Балтийского флота.