Здесь логика та же, что и с названиями, например, марок автомобилей.
Автомобиль — сущ. мужского рода, (авто)машина — женского. Из этого как будто бы следует, что можно и так, и так. Но, когда речь идет, допустим, о «Волге», пишут и говорят приехал на синей «Волге» (ж. р.), а когда о «Москвиче» — приехал на синем «Москвиче» (м. р.). Противоположные варианты исключены. Это означает, что решающую роль играет род того существительного, которое и является названием, а не род слова, обозначающего понятие. Следовательно, когда речь идет о байдарке, мужской род названия «Таймень» сохраняется.
Правильно: тысячами студентов и сотнями преподавателей.
Оба варианта корректны, первый выглядит лучше.
Подробно о склонении таких названий читайте в "Письмовнике".
Верно: празднование дней рождения.
Правильны оба варианта. Выбираете Вы.
После форм сравнительной степени прилагательных и наречий начальный Н в личном местоимении факультативен: сильнее (и в разговорной речи сильней) её и неё.