Присоединительную конструкцию в конце предложения лучше отделить тире: Ещё две лежали по сторонам — одна с игрушкой, вторая с телефоном без чехла. Обратите внимание, что в строгой литературной речи в контекстах, в которых речь идет о лицах женского пола, используются количественные, а не собирательные числительные.

Корректны варианты:

Я улыбнулась в ответ:
— В таком случае нам лучше расстаться.
И отвернулась.

Я улыбнулась в ответ: «В таком случае нам лучше расстаться» — и отвернулась.

Формулировка в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя такова: «Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится)». В соответствии с ней в предложении действительно должна быть только одна запятая: Я его уж и не считала, сколько смотрела. Следует, однако, обратить внимание на слово обычно в формулировке правила, снимающее его категоричность.

Это диалектно-просторечное слово, пробивающее себе путь в непринужденную устную речь носителей литературного языка. В словари литературного языка оно не включено. На экзамене его использовать нельзя, в письменной речи желательно его избегать или использовать с большой осторожностью.

Вообще говоря, из определений, которые даются прямому и косвенному дополнению, следует, что эти характеристики применяются к дополнениям, выраженным именными частями речи, поэтому дополнение, выраженное инфинитивом, не может быть охарактеризовано в этом аспекте. В то же время отметим, что в академической «Грамматике русского языка» (М., 1960. Т. 2. Ч. 1. С. 565) параграф «Дополнения, выраженные инфинитивом» включен в подраздел «Косвенное дополнение». В пособии Е. И. Литневской, размещенном на нашем портале, дополнение, которое выражено инфинитивом, также отнесено к косвенным.

Да, запятая после оборота с предлогом кроме должна быть поставлена. Обратите внимание на варианты оформления чужой речи:

«Кроме сладостей, есть всякие развлечения и игры», — подчеркнул главный технолог (конструкция с прямой речью, дословная передача высказывания);
Кроме сладостей, есть всякие развлечения и игры, подчеркнул главный технолог (конструкция с вводным предложением, передача содержания высказывания).

Да, имеет и употребляется, в частности в научной речи.

Слова рад, обязан, должен изменяются по родам и числам и выступают в роли сказуемого в двусоставном предложении. Это краткие прилагательные. Слово жаль не изменяется и выступает в роли главного члена в односоставном безличном предложении. В современной школьной программе слова такого типа называют словами категории состояния.

При глаголе ждать зависимое существительное (или заменяющее его местоимение) обычно принимает форму родительного падежа (Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов. М., 2001. С. 42): ремонт, которого ждали.

Слово из речи собеседника лучше оформить в отдельное предложение. Чаще всего в подобных случаях понятно, что говорящий повторяет речь собеседника, поэтому кавычки не требуются: Молекулярная... Меньше рассуждайте о том, что вам не известно. Если это не понятно, кавычки можно поставить: «Молекулярная...» Меньше рассуждайте о том, что вам не известно. Подробнее см. ответ на вопрос № 322543.