В учебнике представлены основные случаи постановки знаков препинания. Полное правило можно прочитать в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), см. параграф 136.
Правильно: в онлайн- и офлайн-формате.
Корректно раздельное написание: транспорт онлайн. Слово онлайн выступает как постпозитивное несклоняемое определение. Правило можно прочитать здесь.
Второй предлог в лучше убрать. Слово онлайн можно употребить как наречие: Встречаемся завтра в 19:00 (как?) онлайн.
Корректно написание через дефис: онлайн-оплата налога. Онлайн-оплата — это сложное слово. Дефис заменяется на тире в сочетаниях с приложениями, ср.: среди стран — участников переговоров.
Верно: онлайн-викторина.
Можно задать вопрос «где?».
Тире нужно убрать.
Слово онлайн-заполнение еще не зафиксировано словарями, но его появление вполне закономерно по аналогии с онлайн-общение, онлайн-голосование, поэтому рекомендуем: онлайн-заполнение заявок.
Если речь идет исключительно об онлайн-заявках, то лучше написать: заполнение онлайн-заявок.
Запятая не нужна. Подробнее о пунктуации при оборотах, вводимых предлогом вместо, см. в «Справочнике по пунктуации».